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Doña Josefa Teresa de Busto y Moya expresaron la necesidad de establecer una "Escuela de Padres Jesuitas" para educar a los niños. Como colaboradora importante de la universidad, hizo muchas contribuciones, incluida la casa construida en el Hospital St. Trinidad en 1732, donde se encuentra el edificio central actual.
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El 20 de agosto de 1744 el rey Felipe V expide la cédula real en la que establece el antiguo hospicio jesuita como Colegio de la Santísima Trinidad. Este año falleció el donante más grande de la universidad, Don Pedro Lascuráinde Retana, que además de ayudar y apoyar a los pastores, heredó a la universidad cuatro haciendas que tenía en Valle de Santiago..
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El 28 de enero Juan Antonio de Riañoy Bárcena contaba con la Intendencia de Guanajuato, importante promotora de la educación pública en la zona. Es por este papel y su esposa Victoria Saint-Maxent que apareció por primera vez la introducción del francés y sus estudios literarios y la enseñanza de las matemáticas.
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Inicio y Término de la guerra por la independencia de México, y Guanajuato, al ser una de las ciudades con más peso en esta lucha, la casa de estudios permaneció cerrada, pues se convirtió en la casa de la moneda por ordenes de Agustín de Iturbide, aunque estructuralmente la escuela estaba devastada.
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Por iniciativa del gobernador, la Asamblea Constituyente del Estado decidió en 1827 que el estado debía sufragar los gastos de educación y decidió retirar la Casa de la Moneda del edificio del colegio. Carlos Montes de Oca y Marcelino Mangas abrieron y modernizaron la escuela en 1828 con un nuevo plan de estudios y organización. Se establecieron las cátedras de Minería y Carrera de Derecho, también se ofrecían la carrera eclesiástica y la Academia de Pintura, Escultura y Arquitectura.
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La actividad del Colegio se vio interrumpida por los levantamientos generados por las reformas liberales, la ciudad de Guanajuato fue ocupada por las tropas de Mariano Arista y se propagó la epidemia de cólera morbus. El Colegio fue desalojado y se estableció un hospital militar, hecho que mostró la carencia de médicos.
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El retorno de Antonio López de Santa Anna al poder no fue propicio para el ámbito educativo público, ya que en su última administración suprimió las escuelas profesionales en toda la República, sin embargo, el Colegio continuó sus actividades en la educación secundaria gracias nuevamente a la labor incansable de Marcelino Mangas.
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El 31 de octubre de 1856 se celebró el acto público del primer Curso de Matemáticas, establecido en el Reglamento de 1828 para las carreras de segunda y tercera enseñanza. Este documento muestra el reinicio formal de las actividades en el Colegio.
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Manuel Doblado, gobernador del Estado, impulsó una reforma al Plan de Estudios del Colegio y emitió un decreto en el que se establecían las bases para reactivar los estudios de Medicina .
El nuevo plan de estudios tuvo como objetivo fortalecer las bases científicas de la Carrera de Foro y la de Minería al introducir las materias de Derecho constitucional patrio, Administrativo y Economía política, así como Mecánica, Topografía, GeodeGeodesia, Geología y Paleontología, entre otras. -
En el contexto de la Ley a nivel nacional, el Congreso Constitucional del Estado a través del decreto del 5 de enero de 1870 expide la nueva Ley General de Instrucción Pública en la que se consigna que el Colegio fuese, en adelante, Colegio del Estado.
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En el año de 1877, el Séptimo Congreso estableció por decreto la Escuela de Profesor de Primera Enseñanza en el Colegio, carrera que se debía cursar en cinco años.
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En mayo de 1882 fue expedida una nueva Ley de Instrucción Pública en la que se establecía que las Escuelas debían ser encabezadas por un maestro de alguna de las cátedras.
Este mismo año se suprimió nuevamente la Escuela de Medicina, sin embargo los estudios se rehabilitaron por iniciativa de particulares que crearon la Escuela Libre de Medicina y Obstetricia de 1883 hasta el año de 1892, cuando se clausuraron de manera definitiva las cátedras. -
En el año de 1915, el gobernador José Siurob R. ordenó la clausura de las cátedras del Colegio con la intención de cambiarlo a un nuevo edificio que estaba en construcción en la Presa de la Olla. Un mes después se estableció un Conservatorio de Bellas Artes para enseñanza de Escultura, Pintura, Dibujo y Música, en el antiguo local del Colegio.
El Colegio del Estado regresó a sus instalaciones originales en la entonces calle del Cerero, el año de 1917, siendo gobernador Fernando Dávila. -
El año de 1925 se publicó la Historia del Colegio del Estado de Guanajuato, de Agustín Lanuza, distinguido egresado del Colegio del Estado, una obra que por sus características resulta fundamental para la sistematización de la historia de la Universidad de Guanajuato.
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El año de 1928, con motivo del centenario de la reapertura del Colegio, se celebraron tres días de fiestas de conmemoración los días 24, 25 y 26 de febrero, y a ellas asistieron egresados de varios estados de la República.
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El 6 de octubre de este año, se tiene la primera noticia del proyecto de un grupo de integrantes de las sociedades de alumnos del Colegio para crear lo que llamaron Universidad del Centro, asegurando que realizarían un mitin para pedir que el Colegio se convirtiera en Universidad.
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Con el apoyo del gobierno estatal y a iniciativa del director del Colegio del Estado, la Institución se transformó en Universidad de Guanajuato mediante el Decreto núm. 82 de la XXXIX Legislatura, emitido el 30 de diciembre de 1944. Entró en vigor el día de su publicación en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado de Guanajuato, el domingo 25 de marzo de 1945. El Lic. Armando Olivares asumió el cargo de rector, siendo el primero en la Institución en la era moderna.
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Con un presupuesto de 700 mil pesos y gracias a las gestiones del rector Torres Gómez, el 4 de febrero de 1950 iniciaron las obras de construcción del Auditorio de la Universidad, además de las aulas, talleres y dependencias de la Facultad de Ingeniería en el edificio de Lascuráin de Retana.
El 16 de febrero se inauguran las escalinatas del edificio de Lascuráin de Retana y se abren las puertas del auditorio de la Universidad, el edificio se concluiría en 1955. -
El 20 de agosto se dan por concluidas las obras de construcción del edificio central comenzadas en 1950 –sus escalinatas y auditorio habían sido inaugurados en 1952.
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El Lic. Euquerio Guerrero López es nombrado nuevo rector de la Universidad de Guanajuato, cargo que ocupará de 1967 a 1970. En este periodo el Consejo Universitario acuerda la modificación del Escudo de la Universidad de Guanajuato.
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Como culminación de un proceso de consulta y de opinión en el que participaron los miembros de la comunidad y de la sociedad, autoridades y expertos educativos, el 11 de mayo de 1994 fue aprobada la Ley Orgánica de la Universidad que la dotó de autonomía de gobierno, de patrimonio propio y de autoridad para decidir sus planes de estudio y el mecanismo de ingreso, entre otras facultades de las que carecía.
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El 7 de agosto se coloca la primera piedra del entonces llamado “nuevo campus universitario”, o “Unidad de Ciencias Económico Administrativas” actualmente denominada Sede Marfil del Campus Guanajuato, proyecto iniciado y ejecutado con el apoyo de los gobiernos estatal y federal, el cual fue inaugurado el 26 de agosto de 2002.
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Con una inversión de 5 millones de pesos y el beneficio de un terreno cuya donación fue aprobada por el Congreso del Estado, al inicio del año fue inaugurado el Complejo Deportivo Universitario, conformado por aulas administrativas y de capacitación, dos canchas de squash, una sala de spinning, una sala de artes marciales, una sala de gimnasia aeróbica.
El 27 de septiembre toma posesión como rector de la Universidad para el periodo 2003-2007, el Dr. Arturo Lara López -
En el año 2006, y como fruto de un intenso proceso de consulta y opinión, la comunidad universitaria decidió adoptar un nuevo modelo académico y administrativo caracterizado por la organización y el funcionamiento departamental y matricial de su subsistema de educación superior, y por la integración de un subsistema de nivel medio superior con sus 10 escuelas de ese nivel.
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El 25 de noviembre se puso en funcionamiento el edificio educativo del Campus Irapuato-Salamanca, en su Sede Yuriria . Este edificio cuenta con una superficie de 7,959 m2 y se construyó con una inversión total de $126 millones 555 mil pesos.
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En el ejercicio correspondiente a ese año, la UG fue ubicada en el lugar 109 en el Ranking Iberoamericano de Universidades, que evalúa la producción científica y su impacto. Fueron evaluadas 607 instituciones de 28 países. En ese mismo ejercicio, se ocupó el lugar 56 entre las instituciones de América Latina y el Caribe y el 9º entre las instituciones educativas mexicanas incluidas.
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Se celebran los 70 años de la transformación del Colegio del Estado en Universidad de Guanajuato, justamente a siete décadas de la publicación -el 25 de marzo de 1945- en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado, del Decreto número 82 donde se expide la Ley Orgánica de la Universidad.
Fué depositada en el antiguo jesuita una cápsula del tiempo para ser abierta en cincuenta años, que contiene objetos representativos de la actualidad de la Institución y simbólicos para la comunidad UG.