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Con el logro de la Independencia, se mantiene la estructura básica con cuatro ministerios; empero, para 1835 con la creación del quinto ministerio el Ministerio de Relaciones Interiores, inicia el proceso de diversificación del sistema administrativo en materia de estructura y funciones.
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Con la separación entre el Estado y la Iglesia, comienza la institucionalización del gobierno, obteniendo competencias, por ejemplo, en materia educativa, servicios de correos y telégrafos, y la construcción de obras públicas, entre otros.
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Con el gabinete del Presidente Juárez se pretende alcanzar la obra de la revolución administrativa que permitiría al país consolidar y organizar su administración: previsión, organización, orden, método, economía, moralidad y una administración de justicia fueron los ejes rectores de esta reforma.
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Los ministerios siguieron creciendo y para el gobierno de Porfirio Díaz se incrementaron a ocho, se implementó en el presupuesto la partida doble, reglamentos interiores de las diferentes secretarías y la consolidación de la deuda pública. Una gran contribución fue la creación de la Secretaría de Comunicaciones y Obras Públicas.En este periodo, la Administración Pública adquiere un carácter típicamente capitalista pues el Estado pretende el papel de actor principal de la sociedad.
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Con la promulgación de la Constitución de 1917 será necesario la reforma administrativa para alcanzar los ideales revolucionarios; con ello, se promueve la Ley de Secretarías que configura los órganos centrales en secretarías y departamentos administrativos
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También, a partir de los años veinte se integraron las entidades paraestatales de forma más activa en sus diferentes formas: organismos descentralizados, empresa paraestatal o fideicomisos públicos. Otra secretaría con gran auge en este periodo fue la Secretaría de Educación Pública, creada en 1921, a la que se le otorgó la mayor partida económica.
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La Secretaría de Hacienda es asignada como unidad autónoma para la elaboración del Presupuesto de la Federación, incluyendo estudios sobre la organización administrativa, coordinar actividades y sistemas de trabajo para lograr eficiencia en los servicios públicos.
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La Segunda Guerra Mundial influyó en el gobierno para reorganizar las actividades de la Administración Pública a través de la Comisión Intersecretarial para eliminar servicios no indispensables, optimizar al personal, aprovechar los fondos públicos, entre otros.
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Se reformó la Ley de Secretarías y Departamentos de Estado (1958), en la cual se introduce la Secretaría de la Presidencia para formular los objetivos y procedimientos de la planeación económica y social del país.
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Es creada la Secretaría de la Presidencia y la Dirección General de Estudios Administrativos (DGEA), que sustituyó a la CAP, y queda a cargo de las actividades en materia de reforma administrativa.
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Se reformó la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal, para fortalecer los instrumentos y métodos de la Gestión Pública Federal, cuidando, por un lado, que no se duplicaran funciones y, por otro, que se precisaran responsabilidades. Así, el nombre de la dependencia cambia a la Secretaría de Contraloría y Desarrollo Administrativo, a la cual se le adicionaron mecanismos para la vigilancia y responsabilidades de los servidores públicos.
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En este periodo, el papel de la sociedad civil en relación a la participación de la planeación nacional recobra importancia. Ya no sólo se requiere dar un mejor servicio, ahora la transparencia de los servicios públicos se integra en las reformas administrativas.
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Las influencias de organismos internacionales apoyaron esta modernización administrativa y con la Declaración del Milenio,se refuerza la esencia de la Administración Pública:mejorar la capacidad de los servidores públicos; desarrollar una eficaz y eficiente administración financiera; promover la innovación permanente, e impulsar las tecnologías de la información y comunicación.
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Cambia la denominación de la Secretaría de Contraloría y Desarrollo Administrativo por Secretaría de la Función Pública, confiriéndole la atribución para dirigir, organizar y operar el Sistema, de Servicio Profesional de Carrera en las dependencias de la Administración Pública Federal Centralizada.
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Se aplican reformas al Reglamento Interior de la Secretaría de la Función Pública para el cambio de la denominación del órgano desconcentrado Comisión de Avalúos de Bienes Nacionales a Instituto de Administración y Avalúos de Bienes Nacionales y la reordenación de las atribuciones en materia inmobiliaria.
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La Secretaría de Hacienda y Crédito Público, la Secretaría de Gobernación y la Secretaría de la Función Pública, determinaron una estrategia para reforzar el marco normativo interno de cada institución y, al mismo tiempo, homologar los procesos y la eficiencia de la Administración Pública Federal, por lo que se elaboraron los llamados Manuales Administrativos de Aplicación General.