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Inicio de gestiones para que se elevara al rango de universidad al recientemente fundado Real Seminario Conciliar de San José de la mano del obispo fray Felipe Galindo y Chávez.
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Después de varios intentos fallidos para intentar consolidar a la universidad, el regidor del ayuntamiento e historiador, don Matías Ángel de la Mota Padilla retoma el propósito del obispo Galindo, lo presenta al cabildo, pero aún siguen las gestiones.
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Entró en Guadalajara su vigésimo segundo obispo, fray Antonio Alcalde y Barriga, quien vendría a impulsar definitivamente la fundación de la Universidad.
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El rey Carlos IV otorgó la Cédula Real de la Fundación de la Universidad. Nombraron al doctor José María Gómez y Villa señor, como primer rector de la novel Universidad.
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Se inauguró solemnemente la Real Universidad de Guadalajara, con la misa que ofició el deán de la catedral, Salvador Antonio Roca y Guzmán y el acto académico en el cual se leyó la Real Cédula de Fundación, se recibió el juramento de las autoridades y catedráticos fundadores y el doctor José Ángel de la Sierra, pronunció una emotiva oración latina.
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A partir de los acontecimientos derivados de la independencia, la universidad reconoce a las nuevas autoridades y asume obediencia al Plan de Iguala. Desde ese momento cambia su nombre por el de Universidad Nacional de Guadalajara y a su escudo se le cambia las Armas de España por el Águila Azteca.
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Se clausuró por primera vez la Universidad Nacional de Guadalajara a manos de quien fue el primer gobernador constitucional del Estado de Jalisco: Prisciliano Sánchez.
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Se reanudó actividades en la universidad tras la primera clausura, con las nuevas cátedras de Gramática, Matemáticas, Arquitectura, Medicina Legal y Derecho Constitucional.
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El gobernador del Estado, José Antonio Romero, decretó la primera restauración de la Universidad y la consecuente supresión del Instituto de Ciencias. Se elaboraron nuevos planes de estudio, con introducción de la cátedra de Matemáticas.
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El Congreso del Estado de Jalisco decretó el Plan General de Enseñanza Pública que suprimió tanto la Universidad como el Colegio de San Juan Bautista y restableció la Junta Directora de Estudios y el Instituto de Ciencias y además fundaba el Liceo de Varones y el Liceo de Señoritas.
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Tras una serie de negociaciones, se decretó que coexistirían el Instituto de Ciencias y la Universidad, nomás que esta última perdería sus fondos estatales, exceptuando lo donado por el Fray Alcalde en su fundación.
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Con el triunfo del Plan del Hospicio, el gobernador del Estado José María Yáílez, decretó la fusión del Instituto de Ciencias con la Universidad, por lo cual recuperó su tradicional patrimonio.
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Al triunfar el Plan de Ayutla, el gobernador del Departamento de Jalisco, Santos Degollado decretó la segunda clausura de la Universidad y el restablecimiento del Instituto de Ciencias, al poner en su vigencia total el Plan General de Enseñanza de 1847.
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Por segunda vez fue restaurada la Universidad Nacional de Guadalajara por decreto del gobernador y comandante general del departamento de Jalisco, Leonardo Márquez Araujo.
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En esta fecha, fueron clausurados la Universidad y el Seminario Conciliar, y de acuerdo con el Plan General de Enseñanza Pública de 1847, se restablecieron el Instituto de Ciencias y el Liceo, por decreto expedido por el gobernador del estado de Jalisco Pedro Ogazón y Rubio.
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El gobernador de Jalisco, Manuel Macario Diéguez funda la Escuela Preparatoria de Jalisco que sustituye al histórico Liceo de Varones.
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Al establecimiento de la Constitución de 1917, en Jalisco un grupo de 20 intelectuales convocados por el gobernador José Guadalupe Zuno Hernández, se encargan del proyecto para refundar la Universidad del siglo XX.
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El gobernador José Guadalupe Zuno, fundo la nueva Universidad de Guadalajara. Se instauraron los nuevos planes de estudio y la nueva Ley Orgánica de esta casa de estudios. Se instauró el lema que la compaña hasta el día de hoy “Piensa y Trabaja”. El primer rector fue Enrique Díaz de León.
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Se lleva a cabo la primera reforma de la Universidad, en la cual se instauro por primera vez el consejo de estudiantes.
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La orientación socialista de la educación que la universidad asume, genera descontento entre algunos miembros de la comunidad universitaria y provocan agitación creciente que orilla al gobernador Sebastián Allende a clausurar la universidad y creo en su lugar la dirección de estudios superiores.
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Para evitar que la Universidad Autónoma de Guadalajara, se apoderada de la histórica denominación de Universidad de Guadalajara, el Congreso del Estado de Jalisco restauró nuevamente la Universidad, nombrándose al licenciado Constancio Hernández Alvirde como vigésimo primer rector.
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Se presentó el Plan de Desarrollo Institucional: Una Visión a Futuro, por el rector de la Universidad de Guadalajara Raúl Padilla López, a quien le correspondió emprender la modernización de la Universidad.
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Se crearon los centros universitarios temáticos y regionales (entre ellos CUCosta), se conformó el Sistema de Educación Media Superior y se nombraron a los coordinadores ejecutivos en las regiones.
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El Congreso del Estado de Jalisco aprobó la nueva Ley Orgánica de la Universidad de Guadalajara. En ésta se reconoció la autonomía universitaria en materia de planeación académica y administración de los recursos; se adoptó el modelo departamental, así como el sistema de créditos.
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Se conformó la Red Radio Universidad de Guadalajara, actualmente integrada por 8 emisoras al interior del Estado.
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Se creó el Sistema Universitario del Adulto Mayor (por sus siglas SUAM) con el objetivo de integrar, formar y capacitar a los adultos mayores de la región.