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Las cosas se complicaron para el presidente hacia el año 1943. En ese momento debían volver a celebrarse elecciones presidenciales. Castillo apoyaba a Robustiano Patrón Costas, un terrateniente salteño conservador, vinculado al negocio del azúcar y partidario de la causa de los aliados. Esto fue decisivo para que algunos oficiales del Ejército, integrantes del sector nacionalista, comenzaran a planear la destitución de Castillo.
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Algunos de esos oficiales se agrupaban en el GOU (Grupo de Oficiales Unidos), que llevó a cabo un golpe de Estado el 4 de junio de 1943. El general Arturo Rawson ocupó la presidencia, aunque fue destituido tres días más tarde por manifestar su simpatía con los aliados.
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Después de la destitución de Rawson. En su lugar asumió el general Pedro Ramírez. Mientras duró en el cargo, Ramírez se vio envuelto en numerosos escándalos y tomó medidas muy criticadas, como la re-instalación de la educación católica obligatoria en las escuelas. Pero fue la ruptura de las relaciones diplomáticas con Alemania y Japón el 26 de enero de 1944 lo que precipitó su caída.
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Fue nombrado Edelmiro Farrell, militar que sostuvo la neutralidad hasta marzo de 1945. Las medidas y leyes que Perón obtiene a favor de la clase trabajadora, distancian al gobierno de Farrell y sectores del empresariado nacional.
La oposición exige la declaración de guerra y se enfrenta al gobierno militar.
Finalmente cuando el conflicto bélico está definido y para tranquilizar a la oposición, Farrell cede y le declara la guerra al eje.
Se llaman elecciones ganadas por Perón quién asume en 1946.