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En Burgos y Sevilla. Adquiere notoria influencia y prestigio.
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Por el rey Felipe IV de España. Está en dicha sede episcopal y la regenta hasta su muerte.
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Además, trajo los Hermanos de San Juan de Dios para el Hospital de San Pedro.
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Ya en el Nuevo Mundo, se convierte en un gran reformador que no sigue al pie de la letra los antiguos estatutos.
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Dejó escritas algunas obras como Lengua Eucarística del hombre bueno, exposición de la doctrina del Angélico Santo Tomás de Aquino sobre la Eucaristía, El Ave María (seis tomos en folio) y Cuna mística.
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Estas se realizan en distintas partes de su jurisdicción (que comprendía todo el Nuevo Reino de Granada).
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Lo envía a don Diego López de Escobar, que sufrió saqueo de los ingleses, y costeó el viaje de sus sobrinos, para que fueran en ayuda del gobernador.
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Costeando de su peculio los sueldos del médico (350 pesos),, del cirujano (200 pesos) y del barbero (60 pesos).
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Además del colegio mayor, fundó el convento de las Carmelitas Descalzas en Villa de Leiva y el de Santa Inés en Santafé.
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Acaba con la rivalidad entre la Universidad de Santo Tomás y la Academia Javeriana.Su universidad pronto se convierte en la institución educativa más prestigiosa del Nuevo Reino.
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Por su devoción a la virgen María y al Rosario, recibe este prestigioso honor.
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Un año después de la fundación de la universidad, (en ese entonces, colegio mayor).
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