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El capitán Juan de Oñate fundó la villa de Guadalajara de Indias en el territorio de Nochistl, se trasladó a Tonalá, pero ante las presiones de Nuño de Guzmán –quien quería reservarse para sí, las tierras al sur de la región cazcana-, nuevamente emigró Guadalajara, ahora a Tlacotlán. -
Al fundarse en 1586, el Colegio de Santo Tomás de Aquino a cargo de la Compañía de Jesús, inició en Guadalajara la impartición de la enseñanza media y superior y se otorgaron los primeros grados académicos. En 1695 se estableció el Colegio de San Juan Bautista, para reforzar la educación impartida por los jesuitas. -
El 12 de julio de 1696, el obispo fray Felipe Galindo y Chávez en el documento Benedictionem dabit Legislator, comunicó a sus diocesanos que había pedido al rey Carlos II, que elevara al rango de universidad al recientemente fundado Real Seminario Conciliar de San José. Y así se inició casi un siglo de gestiones, para obtener la fundación de la Universidad de Guadalajara, cronológicamente la segunda de México, la cuarta de América del Norte y la decimocuarta de Iberoamérica. -
El 12 de diciembre de 1771, entró en Guadalajara su vigésimo segundo obispo, fray Antonio Alcalde y Barriga, quien vendría a impulsar definitivamente la fundación de la Universidad.
el 7 de agosto de 1792, falleció su gran benefactor fray Antonio Alcalde. -
Con el repicar de la campanita del correo, el 26 de marzo de 1792 se recibió con gran júbilo en Guadalajara, la Cédula Real de la Fundación de la Universidad. De común acuerdo el obispo Alcalde y el presidente de la Real Audiencia Jacobo de Ugarte y Loyola, nombraron al canónigo penitenciario de la catedral, doctor José María Gómez y Villaseñor, como primer rector de la novel Universidad. -
De las aulas universitarias, egresaron por estos años: los héroes de la Independencia Juan Antonio Montenegro y Arias, José María Mercado, Pedro Moreno y Francisco Lorenzo de Velasco y Palafox; los presidentes de la República Valentín Gómez Farías, Anastasio Bustamante, Pedro Vélez, Melchor Múzquiz y José Justo Corro; el primer arzobispo de Guadalajara, -
De 1792 a 1821, hubo nueve rectores, entre los que destacaron el primero José María Gómez y Villaseñor, figura principal durante el Gobierno Insurgente en Guadalajara, murió electo obispo de Valladolid; Juan José Moreno, michoacano, humanista, gran biógrafo de Vasco de Quiroga; José Simeón de Uría, canónigo, diputado a las Cortes de Cádiz, en las cuales destacó como el gran defensor de los derechos raciales de las castas y de los negros; José Ángel de la Sierra, liberal y colaborador -
La nueva institución fue inaugurada el 14 de febrero de 1827, con las nuevas cátedras de Gramática, Matemáticas, Arquitectura, Medicina Legal y Derecho Constitucional. El 1º de septiembre de 1834, el gobernador del Estado, José Antonio Romero, decretó la primera restauración de la Universidad y la consecuente supresión del Instituto de Ciencias. Reanudó su período rectoral, el doctor De la Rosa y se elaboraron nuevos planes de estudio, con introducción de la cátedra de Matemáticas.
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El 25 de septiembre de 1847, el Congreso del Estado de Jalisco decretó el Plan General de Enseñanza Pública que suprimió tanto la Universidad como el Colegio de San Juan Bautista y restableció la Junta Directora de Estudios y el Instituto de Ciencias y además fundaba el Liceo de Varones y el Liceo de Señoritas. -
Entre los embates de la Guerra de Reforma, el 2 de febrero de 1859, el gobernador y comandante general del Departamento de Jalisco, Leonardo Márquez, restauró por segunda vez la Universidad. A instancias del general Márquez, el Claustro protestó enérgicamente en contra de las Leyes de Reforma, porque afectaban seriamente los intereses de la Iglesia.