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El 5 de enero de 1532 el capitán Juan de Oñate fundó la villa de Guadalajara de Indias en el territorio de Nochistlán. -
En agosto de 1533 la villa se trasladó a Tonalá, pero ante las presiones de Nuño de Guzmán –quien quería reservarse para sí, las tierras al sur de la región cazcana-, nuevamente emigró Guadalajara, ahora a Tlacotlán, donde fue asediada por los cazcanes, tecuejes y zacatecos acaudillados por Francisco Tenamaztle, quienes ante las tropas del virrey Antonio de Mendoza, aceptaron la pacificación de fray Antonio de Segovia en el cerro del Mixtón. -
Tras la gran batalla del 28 de septiembre de 1541, y al grito de ¡El Rey es mi gallo! Ignorando a Beltrán de Guzmán, al fin Guadalajara se estableció en el valle de Atemajac a mediados de febrero de 1542. Ya para entonces el emperador Carlos V, la había elevado al rango de ciudad y le otorgaba un escudo de armas con los leones rampantes en un pino y con el yelmo coronado por la cruz de Jerusalén. -
Al fundarse en 1586, el Colegio de Santo Tomás de Aquino a cargo de la Compañía de Jesús, inició en Guadalajara la impartición de la enseñanza media y superior y se otorgaron los primeros grados académicos. -
En 1695 se estableció el Colegio de San Juan Bautista, para reforzar la educación impartida por los jesuitas. -
El 12 de julio de 1696, el obispo fray Felipe Galindo y Chávez en el documento Benedictionem dabit Legislator, comunicó a sus diocesanos que había pedido al rey Carlos II, que elevara al rango de universidad al recientemente fundado Real Seminario Conciliar de San José. Y así se inició casi un siglo de gestiones, para obtener la fundación de la Universidad de Guadalajara, cronológicamente la segunda de México, la cuarta de América del Norte y la decimocuarta de Iberoamérica.
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La idea original de fray Felipe fue retomada por el abogado Matías Ángel de la Mota Padilla, quien en 1750 logró involucrar en el proyecto al Ayuntamiento de Guadalajara, corporación que continuó las gestiones hasta el final.
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Al ser expulsados los jesuitas de todos los territorios hispanos en 1767, se clausuraron los Colegios de Santo Tomás y de San Juan.
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El 12 de diciembre de 1771, entró en Guadalajara su vigésimo segundo obispo, fray Antonio Alcalde y Barriga, quien vendría a impulsar definitivamente la fundación de la Universidad. -
De 1792 a 1821 la Universidad de Guadalajara tuvo nueve rectores. Destacaron José María Gómez y Villaseñor, figura insurgente; Juan José Moreno, humanista; José Simeón de Uría, defensor de los derechos raciales; José Ángel de la Sierra, colaborador insurgente; y José Miguel Gordoa, presidente del primer Congreso Constituyente y primer obispo de la Guadalajara independiente.
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El 26 de marzo de 1792 se recibió con gran júbilo en Guadalajara, la Cédula Real de la Fundación de la Universidad. De común acuerdo el obispo Alcalde y el presidente de la Real Audiencia Jacobo de Ugarte y Loyola, nombraron al canónigo penitenciario de la catedral, doctor José María Gómez y Villaseñor, como primer rector de la novel Universidad.
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En medio de la conmoción de la incipiente comunidad universitaria y de todo el Obispado, el 7 de agosto de 1792, falleció su gran benefactor fray Antonio Alcalde. -
Y al fin, el 3 de noviembre de 1792, se inauguró solemnemente la Real Universidad de Guadalajara, con la misa que ofició el deán de la catedral, Salvador Antonio Roca y Guzmán y el acto académico en el cual se leyó la Real Cédula de Fundación, se recibió el juramento de las autoridades y catedráticos fundadores y el doctor José Ángel de la Sierra, pronunció una emotiva oración latina. -
De 1821 a 1826, hubo tres rectores, destacando el doctor Diego Aranda y Carpinteiro, diputado a las Cortes de Cádiz y al primer Congreso Constituyente mexicano, canónigo de la catedral y obispo de Guadalajara; mandó construir las actuales torres catedralicias y concluyó el Hospicio Cabañas.
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El 16 de enero de 1826 el Congreso del Estado de Jalisco decretó la primera clausura de la Universidad.
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Y el 29 de marzo inmediato, el gobernador del Estado, Prisciliano Sánchez estableció el Instituto de Ciencias y para dirigirlo nombró al matemático francés Pierre Lissaute. -
La nueva institución fue inaugurada el 14 de febrero de 1827, con las nuevas cátedras de Gramática, Matemáticas, Arquitectura, Medicina Legal y Derecho Constitucional.
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De 1834 a 1855, hubo seis rectores, entre los más notables estaban los canónigos y grandes oradores Juan Nepomuceno Camacho y Francisco Espinosa y Dávalos, durante su gestión se restauró el Colegio de San Juan Bautista para atender la educación media y se dejó sentir la gran influencia intelectual de fray Manuel de San Juan Crisóstomo Nájera.
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El 1 de septiembre de 1834, el gobernador del Estado, José Antonio Romero, decretó la primera restauración de la Universidad y la consecuente supresión del Instituto de Ciencias. Reanudó su período rectoral, el doctor De la Rosa y se realizaron nuevos planes de estudio, con introducción de la cátedra de Matemáticas.
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El 25 de septiembre de 1847, el Congreso del Estado de Jalisco decretó el Plan General de Enseñanza Pública que suprimió tanto la Universidad como el Colegio de San Juan Bautista y restableció la Junta Directora de Estudios y el Instituto de Ciencias y además fundaba el Liceo de Varones y el Liceo de Señoritas.
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Se decretó el 8 de octubre del citado 1847 que coexistirían el Instituto de Ciencias y la Universidad, aunque ésta perdería sus fondos –exceptuando los 20 000 pesos donados por fray Antonio Alcalde- e incluso su edificio,
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Con el triunfo de los centralistas del Plan del Hospicio, el gobernador del Estado José María Yáñez, el 28 de febrero de 1853 decretó la fusión del Instituto de Ciencias en la Universidad, por lo cual recuperó su tradicional patrimonio. -
Al triunfar el movimiento del Plan de Ayutla, el 15 de septiembre de 1855, el gobernador del Departamento de Jalisco, Santos Degollado decretó la segunda clausura de la Universidad y el restablecimiento del Instituto, al poner en su vigencia total el Plan General de Enseñanza de 1847.
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El 2 de febrero de 1859, el gobernador y comandante general del Departamento de Jalisco, Leonardo Márquez, restauró por segunda vez la Universidad. Debió reasumir la rectoría el doctor José María Nieto del Portillo, pero al no presentarse, la ejerció el canónigo Casiano Espinosa y Dávalos, en su calidad de consiliario más antiguo.
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El 10 de noviembre de 1859, fue electo rector de la Universidad el canónigo Juan Nepomuceno Camarena. En su gestión el Claustro protestó la celebración del Tratado McLane-Ocampo, porque hacía concesiones a los Estados Unidos en el uso de vías a través del territorio nacional. -
Con el triunfo militar de los liberales el 2 de diciembre de 1860, el gobernador del Estado, Pedro Ogazón, decretó la tercera clausura de la Universidad, con el restablecimiento de la Junta Directiva de Estudios, el Instituto de Ciencias y los Liceos de Varones y de Señoritas.