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Tras finalizada la batalla del 28 de septiembre de 1541,y con el famoso grito de ¡El Rey es mi gallo! Guadalajara se estableció en el valle de Atemajac.
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El obispo fray Felipe Galindo pidio al rey Carlos II, que elevara al rango de universidad al recientemente fundado Real Seminario Conciliar de San José.
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Tras casi medio siglo,la idea original de fray Felipe fuer retomada por el abogado Matías Ángel de la Mota Padilla, quien logró involucrar en el proyecto al Ayuntamiento de Guadalajara.
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Llega a Guadalajara su vigésimo segundo obispo, fray Antonio Alcalde y Barriga, quien vendría a impulsar definitivamente la fundación de la Universidad.
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La Universidad de México mostró oposición ante la fundación de la universidad por lo que Fray Antonio elevó la dotación de las Cátedras lo que le llevo a vencer las ultimas dificultades en la corte.
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Este fue uno de los mejores años puesto que se inauguró solemnemente la Real Universidad de Guadalajara.
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Debido a la guerra de la independencia la universidad se convirtió en un cuartel.
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El Congreso del Estado de Jalisco decretó la primera clausura de la Universidad.
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La nueva institución fue inaugurada con las nuevas cátedras de Gramática, Matemáticas, Arquitectura, Medicina Legal y Derecho Constitucional.
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Al triunfar el movimiento del Plan de Ayutla, el gobernador del Departamento de Jalisco, Santos Degollado decretó la segunda clausura de la Universidad
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El gobernador y comandante general del Departamento de Jalisco, Leonardo Márquez, restauró por segunda vez la Universidad.
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Con el triunfo militar de los liberales, el gobernador del Estado, Pedro Ogazón, decretó la tercera clausura de la Universidad.
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El gobernador Zuno convocó a las juntas preparatorias para organizar de nuevo la Universidad y una vez concedido el permiso, se eligió el 12 de octubre para la solemne inauguración, la cual debió celebrarse en el gran patio de la antigua Real Universidad, pero la pertinaz lluvia que caía sobre la ciudad, obligó a trasladarla al recinto del Teatro Degollado.
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El Plan de Desarrollo Institucional comprendía cuatro grandes líneas de desarrollo: 1) Acceso democrático a la educación y excelencia académica; 2) Descentralización y regionalización; 3) Vinculación con los sectores sociales y productivos; y 4) Flexibilidad académica y administrativa. En este documento
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En el año 2000, iniciaron funciones los campus Universitarios del Norte y de Los Valles, mismos que serían transformados en centros universitarios en 2004.
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Se constituyó el Sistema de Universidad Virtual.
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En el año de 2008, siendo Rector General Carlos Briseño Torres, la Universidad aprobó y entró en vigor la reforma al Bachillerato General por Competencias.
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Actualmente la Universidad de Guadalajara cuenta con quince centros universitarios; mas de 28 preparatorias y mas de 280 000 estudiantes.
