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Un grupo de educadores se encargó de establecer una institución de formación técnica para brindar carreras intermedias a los bachilleres en Colombia. Luego de recibir visitas de evaluación del Ministerio de Educación Nacional, el centro educativo pudo iniciar sus primeros programas: Tecnología de Plásticos, Electromedicina, Electrónica Industrial y Mecánica Automotriz.
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El Ministerio emitió la Resolución N° 15572 del 25 de octubre de 1978, otorgando licencia para operar bajo el nombre de Escuela Colombiana de Carreras Intermedias.
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El 11 de marzo de 1980, mediante la Resolución No. 03367, la institución recibió la Aprobación Curricular de para sus programas registrados.
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El 28 de marzo de 1985, mediante Resolución No. 2683, la personalidad jurídica de la universidad fue reconocida por las autoridades competentes.
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A partir de la Ley 30 de 1992 se introdujo la posibilidad de crear nuevos programas y de acuerdo con los requisitos legales la escuela ha registrado los siguientes programas profesionales: Mecánica Industrial, Ciencias de la Computación, Telecomunicaciones, Desarrollo Ambiental, Desarrollo Empresarial, Diseño de Modas, Gestión Tributaria y Aduanera, así como Comercio Exterior y Negocios Internacionales.
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El día 22 de septiembre de 1995 se firmó el convenio interinstitucional de mutua colaboración entre la universidad Santiago de Cali y la Escuela Colombiana de Carreras Industriales (ECCI). Los objetivos del mencionado convenio se centran en promover actividades de planificación de la formación académica, intercambio docente-alumno, intercambio de espacio físico y servicios, coordinación y fomento de proyectos de investigación y desarrollo tecnológico, así como de consulta y asistencia mutua.
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El 20 de noviembre de 1999, la Agrupación Internacional de Mercadotecnia y Calidad otorgó a este centro Docente, la “Mención Mundial al Prestigio”, World Wide Prestige Award (WPA), en ceremonia celebrada en el Hotel Meliá Reforma de Ciudad de México D.F.
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Desde el año 2000, ECCI ha estado en proceso de acreditación y profesionalización, modernizando sus recursos para optimizar los programas académicos disponibles en ese momento siendo los siguientes: Mecánica Industrial, Ciencias de la Computación, Telecomunicaciones, Desarrollo Ambiental, Desarrollo Empresarial, Diseño de Modas, Gestión Tributaria y Aduanera, Comercio Exterior y Negocios Internacionales.
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Durante el primer semestre de 2001 se reestructuró y modernizó la biblioteca, creando un centro de información y documentación, incluyendo las nuevas tecnologías de la información para promover y facilitar la investigación en la comunidad universitaria, este centro recibió el nombre de Centro de Información y Documentación Wolmar Casadiego.
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Durante esta década, ECCI siguió creciendo, en el 2002 se incluyeron programas de posgrado así como educación de inclusión espacial para sordos, además, en esta época (2004), se abren nuevas sedes. En los años 2004, 2005 y 2006 la Escuela recibe la mención Luis López de Mesa a la Educación Superior En el 2006 y 2007 obtiene logros en los ECAES e ingenierías y otro reconocimiento por parte de la Asociación de Incentivos a la Calidad en el 2006 destacándose por sus esfuerzos.
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El 19 de agosto de 2014, de acuerdo con la resolución 13370 del Ministerio de Educación Nacional, nuestra institución fue reconocida como Universidad ECCI.
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La Universidad ECCI cumple 45 años de servicio, recibe una recertificación por ICONTEC y se inaugura la Sede M.
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El 30 de Noviembre de 2018 se inaugura una nueva sede ubicada en el centro de Bogotá con el nombre de "Crisanto Luque".
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En el año 2019 se inaugura el Centro de Investigación e Innovación en Tecnología y Ciencia (CEINTECCI).
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La Universidad ECCI es reconocida por MinEducación por altos resultados sacados en las pruebas saber PRO 2020.
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El Ministerio de Ciencias, Tecnología e Innovación otorga a la universidad ECCI el reconocimiento de su Centro de Investigación e Innovación en Tecnología y Ciencia (CEINTECCI).
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Puerto Asís y ECCI firman convenio de cooperación académica en beneficio de estudiantes de este municipio. Actualmente la Universidad ECCI es reconocida a nivel nacional por su calidad y sus diversidad de programas como los pueden ser: Pregrados, Posgrados y Educación Continuada.