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El Conflicto estalló en Septiembre de 1954, en Córdoba entre manifestaciones celebratorias del día del estudiante (Católicos y UES)
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En Noviembre, Perón lanzó un ataque contra la Iglesia. -
El enfrentamiento contra la iglesia, iniciado en noviembre, se agudizó en diciembre, luego de la multitudinaria procesión en Bs.As. en el día de la Inmaculada Concepción.
El ataque reveló los tremendos vicios de la Iglesia.
Se prohibieron las procesiones, se suprimió la enseñanza religiosa, se permitió el divorcio vincular, se autorizó la reapertura de los prostíbulos y se envió un proyecto separar la Iglesia del Estado. La iglesia, en defensa, demostró su poder como institución. -
El 11 de junio, el día del Corpus, se celebró una multitudinaria procesión. El jefe de policía luego se mostró hizo quemar una bandera argentina y acusó de ellos a los opositores católicos.
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El 16 de junio se produjo un levantamiento de la Marina contra Perón.
El proyecto de los marinos consistía en bombardear la Casa de Gobierno para asesinar a Perón; su ejecución, totalmente defectuosa, culminó en el bombardeo y ametrallamiento de una concentración de civiles reunidas en la Plaza de Mayo para apoyar a Perón, que causó unas 300 muertes. -
El 31 de agosto, luego de presentar retóricamente su renuncia, convocó a los peronistas a la Plaza de Mayo, denunció el fracaso de la conciliación y lanzó el más duro de sus ataques contra la oposición: “por cada uno de los nuestros, afirmó, caerán cinco de ellos.”
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El 16 de septiembre, estalló en Córdoba una sublevación militar que encabezó el General Eduardo Lonardi, quien fue conspirador en 1951.
Aunque los apoyos civiles fueron muchos, las unidades del Ejército que se desplegaron fueron escasas. Se sumó la Marina en pleno, cuya flota amenazó con bombardear las ciudades costeras. Perón había perdido la iniciativa y no manifestó una voluntad de defenderse moviendo todos los recursos que disponía. -
El 20 de septiembre de 1955, Perón se refugió en la Embajada de Paraguay
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El 23 de septiembre el general Lonardi se presentó en Bs. As. como presidente provisional de la nación, ante una multitud tan numerosa como las reunidas por el régimen, pero sin duda distinta en su composición.