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Durante la década de 1970, El Salvador se transformó progresivamente en un hervidero social. La falta de libertades, la abismal brecha entre ricos y pobres (el 10 % de la población disfrutaba del 80 % de las riquezas del país), sumados a la creciente tensión internacional entre occidente y el bloque comunista, contribuían a caldear el país.
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En febrero de 1971, una organización formada por estudiantes universitarios, (antecedente del Ejército Revolucionario del Pueblo, ERP) secuestró y dio muerte al empresario Ernesto Regalado Dueñas, en la primera acción armada de un grupo de izquierda revolucionaria.
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En las elecciones del 20 de febrero de 1972, la oposición civil conformó la coalición denominada Unión Nacional Opositora (UNO) que presentó como candidato presidencial, al ex alcalde de San Salvador, José Napoleón Duarte. Luego de los comicios, el Consejo Central de Elecciones, declaró ganador al candidato oficial, Coronel Arturo Armando Molina. La UNO realizó denuncias reiteradas sobre un fraude electoral de grandes proporciones:
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El 25 de marzo de 1972, en protesta por el fraude, un grupo de jóvenes militares trató fallidamente de dar un golpe de estado. El fracaso de la oposición electoral contribuyó a acelerar el proceso de radicalización social y a engrosar las filas de las recientemente fundadas organizaciones guerrilleras
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En 1975 se constituyeron las Fuerzas Armadas de la Resistencia Nacional (FARN), y en 1976 surgió el Partido Revolucionario de los Trabajadores Centroamericanos. Estos grupos armados mantuvieron una relación de cooperación con las organizaciones obreras, campesinas y estudiantiles (los llamados frentes de masas). Para financiarse los nacientes grupos guerrilleros recurrieron a los secuestros de empresarios y funcionarios públicos como los de Roberto Poma y Mauricio Borgonovo Pohl
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En febrero de 1977, en un nuevo proceso electoral calificado como fraudulento fue elegido presidente el general Carlos Humberto Romero.
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El 8 de mayo de 1979, durante una de las tomas de catedral, 24 manifestantes que participaban en una toma fueron asesinados en las gradas del templo, por las fuerzas de seguridad de El Salvador, este acto se conoció como la "masacre de las gradas de catedral".
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El 24 de marzo de 1980 el Arzobispo de San Salvador, Monseñor Óscar Arnulfo Romero, se presume, fue asesinado por Marino Samayor Acosta, bajo las ordenes de Roberto d'Aubuisson. Se cree que la izquierda lo asesinó tomandolo como mártir.
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En mayo de 1980, el mundo fue estremecido por la violenta masacre de más de 600 personas en el Río Sumpul ubicado en la frontera con Honduras. Este crimen fue llevado a cabo por fuerzas militares combinadas de El Salvador y Honduras.
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En mes de mayo, las fuerzas guerrilleras fundaron la Dirección Revolucionaria Unificada – Político Militar (DRU-PM), y el 10 de octubre, las mismas se organizaron bajo el nombre de Frente “Farabundo Martí” para la Liberación Nacional (FMLN); posteriormente en diciembre se une el Partido Revolucionario de los Trabajadores Centroamericanos (PRTC).
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El 10 de enero de 1981, el FMLN lanzó una ofensiva general y llamó a una insurrección a nivel nacional, la cual no tuvo éxito en la toma del poder, pero fue la acción de la guerra civil propiamente dicha. En mayo el mayor D’Aubuisson es capturado (y luego liberado) por intentar organizar un golpe de Estado contra Duarte.
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En septiembre de 1981, la Comisión de Derechos Humanos de El Salvador (CDHES), informó que un total de 32,000 civiles fueron asesinados por fuerzas gubernamentales o por escuadrones de la muerte vinculados al Ejército, desde que la primera junta asumió el poder en el país. Ese mismo mes, D’Aubuisson anuncia la fundación del partido Alianza Republicana Nacionalista, ARENA, y posteriormente, su postulación como candidato presidencial.
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Las Fuerzas Armadas salvadoreñas también se involucraron directamente en la represión indiscriminada, siendo el más notorio de estos incidentes la denominada Masacre de El Mozote entre el 10 y el 13 de diciembre de 1981. Durante una incursión del Batallón Atlacatl a esta localidad del departamento de Morazán fueron asesinados varios cientos de civiles, probablemente más de un millar, y muchos más huyeron a refugiarse a Honduras.
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El 28 de marzo de 1982 fue elegida una nueva Asamblea Constituyente. Durante los 20 meses siguientes, la asamblea constituyente desarrolló intensos debates en el proceso de redacción de la nueva Constitución de la República, que fue finalmente promulgada el 15 de diciembre de 1983, entrando en vigencia cinco días después
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Álvaro Magaña fue nombrado presidente provisional por la asamblea constituyente. Duarte ganó las elecciones presidenciales en 1984 ante D'Aubuisson de ARENA. Según el PDC y Duarte, D'Aubuisson y su partido de ARENA tenían lazos directos con los escuadrones de la muerte, el embajador estadounidense, Robert White, había descrito como “un asesino patológico” al fundador de ARENA
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En 1984, Duarte realizó dos reuniones históricas de diálogo y negociación con la alianza FMLN-FDR, una en el pueblo de La Palma, Departamento de Chalatenango, y la segunda en Ayagualo, Departamento de La Libertad. Pero ninguna de estas reuniones dio solución al conflicto armado
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En 1989, el voto popular otorgó a Alfredo Cristiani de ARENA la elección presidencial. En abril de 1989, el FMLN presentó en Washington su plataforma para negociar el fin de la guerra civil. El gobierno de Cristiani se reúne por primera vez con el FMLN en México
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El 11 de noviembre, siguiendo un plan estratégico que según algunos medios de prensa Fidel Castro conocía de antemano, el FMLN lanza su ofensiva militar llamada “Hasta el Tope”. La madrugada del día 16, una unidad del Ejército invade la Universidad Centroamericana "José Simeón Cañas" y asesina a 6 sacerdotes jesuitas vinculados a la teología de la liberación
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En diciembre de 1990 el FMLN lanza lo que sería la última ofensiva militar de carácter nacional y en la que se derriban los primeros aviones con misiles tierra-aire.
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Al establecerse una especie de equilibrio de fuerza, el gobierno de ARENA accede a la firma del Acuerdo de Nueva York el 31 de diciembre, y el 16 de enero de 1992 las negociaciones terminaron con la firma de los Acuerdos de Paz en el Castillo de Chapultepec, en México, poniendo fin a 12 años de conflicto interno. Al final de la guerra civil se contabilizó la muerte de más de 75,000 civiles salvadoreños y de alrededor de 9,000 desaparecidos.
