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se inaguro el 13 de junio de 1580 bajo el nombre de universidad tomistica primer claustro universitario de colombia sede bogota
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en 1608 gaspar nuñez de figueroa en su testamento, promovio la fundacion del colegio santo tomas de aquino-bogota
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en 1624, se fusiono este colegio con la universidad de estudios generales nacío asi el colegio-universidad santo tomas que promovio sus primeros egresados dos años mas tarde
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uno de sus fundadores alvaro cueto profesor de introduccion a la economia, otorgo los primeros grados que se volvio exclusivo a partir de 1767 esto hizo que los colegios mayores establecidos en la capital como el colegio mayor de rosario y el colegio de san bartolome deberian acudir a la tomista a graduar a sus estudiantes
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debido a crisis producidas al interior de la Orden Dominicana y a políticas de reforma en materia educativa promovidas por el nuevo gobierno republicano, el General Francisco de Paula Santander firmó en 1826 el Reglamento de Estudios para Colombia, y la Tomística perdió con ello su calidad de Universidad de la República, quedando imposibilitada para otorgar grados, aunque siguió funcionando como colegio privado
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cerrado por tomas cipriano de mosquera
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La Universidad fue restablecida en 1855, aprovechando la ley de libertad de enseñanza establecida por el gobierno liberal.
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Bajo el gobierno del dictador Tomás Cipriano de Mosquera, la Universidad Santo Tomás, vio cerradas sus puertas por segunda vez, al quedar está incluida dentro de la ley de supresión de comunidades religiosas y expropiación de bienes eclesiásticos
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Bajo la iniciativa del entonces provincial de los Dominicos, Fr. Alberto Ariza O.P., se puso en marcha un proyecto para restaurar a largo plazo la Universidad, entre los proyectos hoy se puede apreciar el mural del Maestro Santiago Martínez Delgado. Dicho proyecto tuvo como primera etapa la fundación y construcción de un colegio de educación secundaria bajo el título del Angélico Doctor.
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En acto solemne, el propio Presidente de la República, Guillermo León Valencia leyó el decreto restaurador. En él se reconocieron los cursos de Ingeniería Civil, Filosofía, Ciencias Jurídicas y Políticas, Economía y Administración así como de Filosofía y Ciencias Sociales.
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En 2012 La USTA Bogotá recibió reacreditación institucional de alta calidad por 4 años más.
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Se inauguró en el segundo periodo académico, la nueva sede de la universidad llamada Edificio Dr Angélico ubicada en pleno corazón financiero de Bogotá en el barrio El Nogal.
La seccional Villavicencio, ya contando con un aproximado de 4.000 estudiantes, hace apertura del Campus Aguas Claras el 7 de marzo de 2013 (Celebrando la Fiesta Patronal en honor a Santo Tomás de Aquino) quedando así con dos sedes en la ciudad: Campus Aguas Claras y Campus Loma Linda -
Se inicia el proceso de Acreditación Multicampus, buscando así la reacreditación de las sedes Bogotá y VUAD, además de la acreditación de todas las sedes oficiales de la universidad en el país.
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La Universidad Santo Tomás, se convierte en la primera Universidad Privada con presencia nacional en obtener la Acreditación Institucional de Alta Calidad bajo la modalidad Multicampus* Res Min. Edu. 01456 del 29 de enero de 2016, una buena noticia para toda la comunidad Tomasina, qué en sus 436 años continúan escribiendo la historia de Colombia.
