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Se cree que en Holanda, los fabricantes Zacharias Janssen y su padre Hans Lippershey inventan el microscopio. A él se le atribuye ser el descubridor del microscopio.
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Galileo Galilei presentó su microscopio óptico en 1609 utilizando un diseño basado en la combinación de una lente cóncava junto con una lente convexa. Galileo Galilei llegó a este resultado modificando uno de sus telescopios y quizá sin tener conocimiento del instrumento inventado por Zacharias Janssen.
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Uno de los primeros científicos en utilizar el microscopio con fines científicos fue Robert Hooke, quien en 1665 publicó una de sus obras más importantes titulada Micrographia. Una de las aportaciones más importantes de Robert Hooke fue introducir la palabra célula para describir las estructuras que observó en una muestra de corcho.
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Descubre y estudia los protozoos en 1674, introduce los primeros métodos de cultivo de microorganismos para sus observaciones a través del microscopio. Explica, la función de los espermatozoides; descubre las bacterias.
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Año 1933: Ernst Ruska y Max Knoll inventan el microscopio electrónico, que utiliza electrones en lugar de luz visible.
Año 1985: primer microscopio de fuerza atómica inventado por Gerd Binnig y H. Rohrer, Christoph Gerber y Calvin
Año 1987: primer microscopio de positrones inventado por James C. Van House y Arthur Rich.
