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Alrededor del año 2000 aC, las primeras enfermedades infecciosas de plantas fueron documentadas como Samaná y mehru, en los fértiles valles de Mesopotamia, donde se cultivaba trigo y cebada. Este hecho marca un hito en la historia agrícola y médica, ya que representa el reconocimiento temprano de la interacción entre la agricultura y las enfermedades. Se afirma que la lepra para la época era un castigo por una vida no cristiana o una enfermedad de tipo kármico.
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La teoría astral, plantea en esencia que las estrellas y los planetas afectan el comportamiento de las personas y de las plantas, y le concede un lugar privilegiado a la luna por sus efectos gravitacionales. Los horóscopos agrícolas basados en la fase de la luna fueron muy populares en la agricultura primitiva e indígena con el fin de preservar la salud de las plantas y obtener una buena cosecha. Se especuló que la pandemia de cólera asiática en 1817 tenía relación con las fases de la luna.
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La teoría del germen, formulada por Louis Pasteur y Robert Koch, quienes realizaron investigaciones experimentales para demostrar la relación entre los microorganismos y las enfermedades en dicha teoría se sustenta que las enfermedades son causadas por microorganismos, como bacterias, virus, hongos y protozoos. Según esta teoría los microorganismos son la causa necesaria y suficiente para que se produzca una enfermedad.
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Para el doctor Thomas Short, la epidemia de influenza de 1510 en Londres fue anunciada cuatro años antes por la aparición de cometas, la erupción del volcán Vesubio, la caída de una lluvia roja y terremotos continuos, pero cada evento tenía un significado. Los meteoros indicaban el inicio de la epidemia, los terremotos y volcanes, su terminación, y las lluvias sangrientas, su intensidad.