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El obispo Francisco Marroquín en 1548 solicitaba a la corona española la fundación de una institución de educación superior en la Ciudad Santiago de los Caballeros.
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El Rey Carlos II promulga la real cédula de fundación. La universidad abre sus puertas con 60 estudiantes en la Antigua Guatemala. Se convirtió en4ª Universidad más antigua de américa y 1ª en Centro América.
Enseñaban las siguientes cátedras:
- Teología Moral
- Teología Escolástica
- Cánones
- Leyes
- Medicina
- 2 de Lenguas -
La primera reforma la impulsó el fray José Antonio de Liendo introduciendo derecho civil, romano y de Gentes (derechos Humanos)
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El Papa Inocencio Xi le da el nombre de “Real y Pontificia Universidad San Carlos de Guatemala”.
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Un terremoto destruye casi en su totalidad la ciudad de Santiago de los Caballeros y con ella la universidad.
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Se traslada la Universidad a la nueva Guatemala de la Asunción en la zona 1.
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Fue participante en la independencia en 1821 con principal representante José Cecilio del Valle quien redactó el acta de independencia
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Gobierno liberal de Mariano Gálvez, elimina la universidad y queda una academia de estudios para la educación laica.
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Derrocan a Mariano Gálvez (liberal) y queda Mariano Rivera Paz (Conservador) como jefe del estado, regresa el poder de la iglesia católica sobre las cátedras y le atribuyen el nombre de universidad de nuevo.
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Durante el gobierno de Rafael Carrera se le llamó Pontificia Universidad de San Carlos de Borromeo, ya que la iglesia católica reconocía a San Carlos de Borromeo y a Santa Teresa de Jesús como patones de la universidad.
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Entre los gobiernos de Miguel García Granados y Justo Rufino Barrios se agregan las carreras de Jurisprudencia, Ciencias políticas y sociales, medicina veterinaria, farmacia y Eclesiásticas.
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Se unen las facultades de Derecho y Ciencias de la Salud para organizar la famosa huelga de dolores, en la cual se renuncia y rechaza el poder en forma de una sátira. Además, surge el periódico NO NOS TIENTES,
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Se funda la AEU con un planteamiento claramente político: «Actuar decididamente en la política nacional fuera de los partidos»
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Nace el emblema de los huelgueros “La Chabela” por Hernán Martínez siendo un famoso símbolo estudiantil con el lema “Aquí está tu son chabela".
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Se escucha por primera vez el himno de guerra “La Chabela” siendo los autores de esta Alfredo Valle Calvo, José Luis Valcárcel, David Vela y Miguel Ángel Asturias
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Jorge Ubico llega a la presidencia y prohíbe la huelga y actividades relacionadas generando una represión de aproximadamente 14 años.
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Manifestaciones en las que fuerzas del régimen de Ubico dieron muerte a la maestra María Chinchilla que desencadenó el derrocamiento de su dictadura.
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Por Decreto no. 16 de la asamblea legislativa ratificó la Autonomía de la USAC lo que permite que se elijan sus autoridades.
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1945-1970, Carlos Martínez Durán fue el primer Rector electo democráticamente, toma la iniciativa de comprar los terrenos donde se edifica el campus central, y se funda el CUNOC, crea nuevas facultades: Agronomía, Medicina Veterinaria , Arquitectura y otras no facultativas como escuela de Ciencias Psicológicas, Trabajo Social e Historia
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El General Kjell Eugenio Laugerud da un periodo de represión hacia la comunidad universitaria.
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Asesinan al Lic. Mario López Larrave (miembro del CSU), apoyaba al sindicalismo (sistema donde defienden intereses comunes ante los empleadores y los gobiernos). Ahora su rostro yace pintado en la biblioteca de la universidad.
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General Romeo Lucas García llega al poder, tiempo después de su llegada al poder, es asesinado el secretario General de la AEU, Oliverio Castañeda.
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Consta de 10 facultades, 9 escuelas y 13 centros. Además cuenta con canales de comunicación tales como: Tv USAC, radio universidad y un periódico.