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mediante la bula Romanus Pontifex, el papa Gregorio XIII erigió en el Convento de Nuestra Señora del Rosario de Santa Fe una Universidad de Estudios Generales
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Gaspar Núñez de Figueroa en su testamento, promovió la fundación del Colegio Santo Tomás de Aquino- Bogotá.
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El Colegio Santo Tomás de Aquino se fusionó con la Universidad de Estudios Generales: nació así el Colegio-Universidad Santo Tomás,
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Esto se logró en junio de 1639, el 4 de agosto de ese mismo año se hizo público dicho acto.
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Uno de sus fundadores, Álvaro Cueto, profesor de Introducción a la economía, otorgó los primeros grados.
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el General Francisco de Paula Santander el Reglamento de Estudios para Colombia, y la Tomística perdió con ello su calidad de Universidad de la República, quedando imposibilitada para otorgar grados, aunque siguió funcionando como colegio privado.
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Universidad fue restablecida en 1855, aprovechando la ley de libertad de enseñanza establecida por el gobierno liberal.
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Bajo el gobierno del dictador Tomás Cipriano de Mosquera, la Universidad Santo Tomás, vio cerradas sus puertas por segunda vez,
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bajo la iniciativa del entonces provincial de los Dominicos, Fr. Alberto Ariza O.P., se puso en marcha un proyecto para restaurar a largo plazo la Universidad. Dicho proyecto tuvo como primera etapa la fundación y construcción de un colegio de educación secundaria bajo el título del Angélico Doctor.
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Finalmente, con las voces de doscientos sesenta y dos (262) alumnos, la Universidad Santo Tomás pudo romper sus cien largos años de silencio -que parecía definitivo- y obtener, poco después, la aprobación canónica. Al año siguiente recibió la aprobación oficial.
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En acto solemne, el propio Presidente de la República, Guillermo León Valencia leyó el decreto restaurador. En él se reconocieron los cursos de Ingeniería Civil, Filosofía, Ciencias Jurídicas y Políticas, Economía y Administración así como de Filosofía y Ciencias Sociales.
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Con los programas de Arquitectura e Ingeniería en Telecomunicaciones.
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Con las facultades de Administración de Empresas Agropecuarias, Comercio Exterior y Derecho, con 160 estudiantes provenientes de todas las regiones del Meta y departamentos aledaños; en el primer periodo del 2008 inicia labores la facultad de Contaduría Pública en su jornada diurna.
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-Reacreditación del programa de Economía por 6 años, la facultad.
-Nace el programa de Gobierno y Relaciones Internacionales en Bogotá. -
Se inauguró en el segundo periodo académico, la nueva sede de la universidad llamada Edificio Dr Angélico ubicada en pleno corazón financiero de Bogotá en el barrio El Nogal
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se inicia el proceso de Acreditación Multicampus, buscando así la reacreditación de las sedes Bogotá y VUAD, además de la acreditación de todas las sedes oficiales de la universidad en el país.
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se celebran los 50 años de reapertura de la universidad y los 435 años de fundación, dando evidencia de la larga trayectoria y el impacto generado en el país.
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celebrando la fiesta patronal en honor a Santo Tomás de Aquino, el Ministerio de Educación Nacional hace entrega oficial de la resolución de acreditación de alta calidad que obtuvo la Santo Tomás el 29 de enero de 2016 en el Edificio Dr. Angélico de Bogotá.