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5 años después de la autorización para la creación de la universidad por el monarca español Carlos II, la universidad abre sus puertas a sesenta estudiantes matriculados.
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En octubre de 1686, toma posesión como primer Rector de la naciente universidad, el doctor José de Baños y Sotomayor.
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El 18 de Julio de 1687 (11 años después de ser autorizada por el Rey), el Papa Inocencio XI emite una Bula (documento oficial que expresa la voluntad del Papa) avalando la creación de la universidad, con lo cual se le da categoría internacional y asignándole además su nombre oficial: “Real y Pontificia Universidad de San Carlos” y queda autorizada para otorgar los grados universitarios de Bachiller, Licenciado, Maestro y Doctor.
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En 1777, ciento un años después de su fundación, la Universidad de San Carlos se traslada a la nueva ciudad, ocupando temporalmente un solar junto a lo que hoy es la iglesia de Santo Domingo, zona 1; dos años después, se le otorga su primer nueva sede oficial: el edificio que hoy alberga al MUSAC (Museo Universitario), frente al actual edificio del Congreso de la República.
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En 1821, con la independencia de las Provincias de Centro América, y la creación de la República de Guatemala, se modifican los Estatutos de la Universidad y bajo el influjo de las nuevas ideas derivadas de la Revolución Francesa, se suprime la institución “universidad”, y se le da el nuevo nombre de “Academia de Estudios”.
Las nuevas disposiciones legales pretendían una educación laica (sin influencia del cristianismo católico) y se inspiraba liberalismo. -
En 1840, bajo el gobierno de los “conservadores”, el jefe de estado Mariano Rivera Paz, elimina la Academia de Estudios y devuelve el nombre de “universidad” al máximo centro de estudios superiores. Ahora se le da el nombre de Universidad de Guatemala.
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En 1847, durante el también gobierno conservador de Rafael Carrera, se le asigna un nuevo nombre: “Real y Pontificia Universidad de San Carlos de Borromeo”.
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En 1875 se le suprime el título de pontificia, y el nombre cambia de nuevo al nombre laico de Universidad de Guatemala debido a la denominada Reforma Liberal.
Simultáneamente se crea el nuevo ente de gobierno de la universidad, es decir, el Consejo Superior universitario. -
En 1877 se separa la educación media o bachillerato de la Universidad, quedando a esta la potestad exclusiva de otorgar los grados académicos de licenciatura y doctorado.
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En 1898 toma posesión de la presidencia de la república, Manuel Estrada Cabrera, quien permanece en el poder 22 años. Surge en este período de la historia del país y de la universidad, algo inédito hasta entonces: el movimiento estudiantil de la universidad.
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La universidad (dados los “servilismos” de siempre) cambia su nombre, denominándose ahora: Universidad Nacional “Estrada Cabrera”, a través nuevos estatutos que son aprobados el 24 de diciembre de 1918 y se permitió la elección de autoridades universitarias siempre que no estuvieran en contra del régimen.
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El 4 de Mayo de 1920, luego de la caída de Estrada Cabrera, la Universidad se adhiere a las reformas de Córdoba, se inicia la Extensión Universitaria, surge la Asociación del Derecho, Juventud Médica y la asociación de Estudiantes Universitarios, AEU, el 22 de Mayo de ese año y la universidad recupera su Albedrío.
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En 1921 se organiza el primer desfile bufo, restableciéndose la “Huelga de Dolores”. Hernán Martínez Sobral pinta a la “Chabela”, José Luis Balcárcel, David Vela, Alfredo Valle Calvo y Miguel Ángel Asturias componen la “Chalana”. José Castañeda crea la música.
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Es hasta en 1927 bajo el gobierno de Lázaro Chacón, que la universidad recobra su nombre original: Universidad de San Carlos de Guatemala.
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El general Jorge Ubico, durante su tercer mandato (1941 – 1944) emite una nueva ley constitutiva de la universidad, (con el apoyo de la asamblea legislativa) y así, se suprime de nuevo su autonomía, y con ella, la libertad de elegir sus autoridades, quedando el nombramiento del Rector y los Decanos que integraban el Consejo Superior Universitario, en manos del presidente de la República.
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En 1944, luego de la caída de Ubico, surge, una Junta Revolucionaria, integrada por Francisco Arana, Jacobo Arbenz Guzmán y Jorge Toriello quienes emiten el Decreto No. 12, en donde se establece “la Autonomía de la Universidad”, la que entra en vigor el 1 de Diciembre de ese año.
La asamblea legislativa en Decreto del 16 de Diciembre de 1944 confirma la autonomía universitaria elevándola ahora a nivel constitucional y como primer rector fue nombrado el Dr. Carlos Federico Mora. -
En 1945, se emite la primera Ley Orgánica de la Universidad, por el Congreso de la República. Se elige al primer Rector de forma democrática por estudiantes, docentes y profesionales: el Doctor Carlos Martínez Durán.
Durante su período se adquirió el terreno de la zona 12 (en donde hoy está el Campus Central), se crearon las carreras de Agronomía, Veterinaria y Arquitectura; y además, se creó el primer Centro Universitario Departamental en Quetzaltenango. -
De 1963 a la fecha, la historia de la Universidad de San Carlos está estrechamente marcada por la historia de nuestro país.
La guerra interna (1963 – 1996) representó para la Universidad, un período de acoso y persecución; muchos de sus mejores elementos (autoridades, docentes, estudiantes, trabajadores en general) fueron desaparecidos, asesinados u obligados a huir. La Universidad de San Carlos, fue una de las instituciones que más muertos puso en tal contienda.