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Fue durante el Gobierno también conservador de Rafael Carrera que se llamo Pontificia Universidad de San Carlos de Borromeo, a la máxima casa de Estudios, esto porque la iglesia católica reconocía como patronos de la Universidad a San Carlos de Borromeo y a Santa teresa de Jesús.
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Gracias al obispo Francisco Marroquín se fundo la primera sede en Antigua Guatemala.
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El Rey Carlos II, promulga la Real Cédula de la Fundación de la Universidad y 5 años más tarde abre sus puertas a 60 estudiantes.
En donde se enseñaba:
Teología Moral
Teología Escolástica
Cánones
Leyes
Medicina
2 tipos de lenguas. -
Antigua Guatemala fue sacudida por un terrible terremoto a el 29 de Julio de 1773, que casi detraía la ciudad por completo.
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Tras el trágico terremoto que casi destruyó por completo la Antigua ciudad, fue obligado el traslado de la Universidad a la que fue llamada Nueva Guatemala, se traslada al valle de la ermita.
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Es redactada por profesionales de la universidad la primera declaración la primera declaración de derechos humanos en Guatemala eh impulsora de la declaración de derechos del hombre y del ciudadano.
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La Universidad de San calos fue particípate e impulsora mediante sus estudiantes y egresados de la independencia en 1821
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Tras derrocar al Mariano Gálvez en 1883 y con el conservador Mariano Ribera Paz, como jefe del estado de Guatemala, se restituye el poder de la Iglesia Católica sobres las cátedras impartidas y se le devuelve el nombre de Universidad.
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El centro de Estudios a sufrió diferentes cambios y en ocasiones hasta censuras, pero gracias a espiritad de lucha de los universitarios se unen en 1898 la facultades de Derechos y Ciencias de la Salud, para organizar un desfile bufo conocido HUELGA DE DOLORES.
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Durante el gobierno de Estrada Cabrera la universidad bajo amenazas de aquel regían, tubo que cambiar tuvo que cambiar el nombre a Universidad estrada cabrera, 22 años después cae la dictadura y mediante una asamblea nacional el 4 de mayo de 1920 la universidad logra su autonomía de sus facultades. se funda en este mismo año la asociación de estudiantes universitarios aeu.
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Es en 1921 que nace el emblema de lo huelgeros la Chavela, pintada por el estudiante Hernán Martínez, representada con un esqueleto que bailando con la mano izquierda en alto y la derecha sobre el pubis, con la leyenda aquí esta tu song Chavela, se convirtió en el primer símbolo estudiantil femenino
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En 1922 se escucha por primera vez el himno de guerra de los universitarios sancarlistas la CHALANA, fue compuesto por los estudiantes Alfredo Valle Calvo, José Luis Valcárcel, David Vela y el premio nobel de literatura, Miguel Ángel Asturias.
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Bajo el gobierno de Lázaro Chacón en 1927 es cuando el alma meter retoma el nombre como Universidad de San Carlos de Guatemala así es como la conocemos hasta hoy
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Cuando llega a la presidencia de Guatemala Jorge ubico, la huelga y todas sus actividades quedan prohibidas, dando principio a una reprensión de más de 14 años, la cual genero inconformidad en la población, dando pie en que junio de 1994, se diera un serie de manifestaciones, en una de las cuales fuerzas del redimen uvic ista dieron Muerte a la maestra María Chinchilla.
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El 31 de Marzo de 1945 el congreso de la republica de promulga la Primera ley orgánica de la Universidad de San Carlo de Guatemala.
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El Primer rector electo democráticamente, fue quien tomo la iniciativa de comprar los terrenos en donde se construyó el actual Campus centra, además fundo el centro universitario de oxidante, ubicado en Quetzaltenango.
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Es hasta el año de 1972 que la huelga se restituye por completo y desde ese momento no fue ha sido suspendida.
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En 1974 Guatemala vulva a caer en manos de militares con el general Eugenio laugerud, da inicio un nuevo periodo de represión a la comunidad universitario
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El 8 de junio de 1977 es asesinado el licenciado Mario López la rave, quien apoyo abiertamente al sindicalismo en el pías, como homenaje a este ilustre personaje Universitario su rostro fue pintado en el mural de la biblioteca central de la Universidad.
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Tiempo después llega al poder otro militar el general Romeo Lucas García, es en octubre del 1978 mismo año del ingreso del nuevo presidente, que es asesinado el secretario general de la aeu Olivero Castañeda de León. En 1982 es asesinado el licenciado Leonel Carillo Ríos, quien un año antes fuera rector de dicho plantel.
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La historia de la Universidad de San Carlos de Guatemala ha estado marcada por hechos sin precedentes, como las dos ocasiones en que fue violada su autonomía por medio de invasiones militares, la Primera en 1970 y la segunda en 1985. También se a escrito con la sangre de aquellos estudiantes y catedráticos asesinados, no obstante esto a forjado el carácter de lucha y entrega al pueblo que caracteriza a nuestra Universidad.
