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El Licenciado Francisco Marroquín, solicitó la autorización para fundar una universidad en la ciudad de Santiago de Guatemala.
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Al fallecer, en su testamento dejó varios bienes para fundar un "Colegio de Artes, Teología y otras ciencias"
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Despúes de varios años, se logró cumplir el deseo del Licenciado Marroquín, estableciendo dicho Colegio.
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El obispo Payo Enríquez de Rivera, envió al rey Carlos II un informe donde manifestaba la necesidad de contar con una institución de educación superior
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La Cédula Real, ordenaba que se celebrara una junta en la ciudad de Santiago para analizar la cuestión de fundar una universidad
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El monarca español Carlos II, decreta la fundación de la universidad de San Carlos de Guatemala:
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Cinco años desúes de la fundación, la universidad abre por primera vez sus puertas.
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Meses después de la inauguración de la universidad, se inauguran los estudios de medicina.
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José de Baños y Sotomayor toman posesión como Primeros Rectores.
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El nombre oficial fue: "Real Pontificia Universidad de San Carlos"
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El doctor Miguel Fernández inicia la cátedra con el primer catedrático propietario de ella.
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Don Vicente Ferrer González fue el primero en graduarse de Bachiller en Medicina.
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Debido al terremoto, se decide el traslado de la capital Guatemala de la Asunción, tiempo despúes, también se decide el traslado de la universidad a la nueva ciudad.
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Se suprime la institución "universidad" y se le da el nuevo nombre de "Academia de Estudios".
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Por decreto constitucional, se constituye como Facultad de Ciencias Médicas a la antes llamada, Escuela de Medicina.
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Se le asigna el nombre de: "Real y Pontificia Universidad de San Carlos de Barromeo"
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Debido a la Reforma Liberal, se suprime el título de pontificia, siendo el nuevo nombre: "Universidad de Guatemala", también se crea el Consejo Superior Universitario
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Se separa la educación medio o bachillerato de la Universidad, por lo que solamente se otorgarían licenciaturas y doctorados.
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Se fundó la Juventud Médica
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La Facultad de Odontología pasa a ser parte de la Facultad de Medicina
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El movimiento estudiantil de la universidad crea la Huelga de Dolores
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Debido a un nuevo terremoto, la Casa de estudios se traslada al Convento de Santa Catarina Martil, hoy lladado: Conservatorio Nacional de Música.
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Surge la Asociación del Derecho y La Asociación de Estudiantes Universitarios
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Durante el gobierno de Lázaro Chacón, el ingeniero Alcaime H, elaboro un proyecto de cuatro edificios, en el que tendría lugar la Facultad de Ciencias Médicas
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Se establece la autonomía de la universidad, por medio del decreto número doce.
La asamblea legislativa confirma la autonomía de la universidad, elevándola ahora a un nivel constitucional -
Se emite la primera Ley Orgánica de la Universidad, se elige al primer Rector de forma democrática.
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En este período muchos de sus mejores elementos fueron desaparecidos, asesinados y obligados a huir.
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La universidad se establece en la zona 12 de la Ciudad Capital, así como también la facultad de medicina.
Se crean nuevas carreras como: Agronomía, Veterinaria y Arquitectura -
La Facultad de Ciencias Médicas es trasladada a la 9a. Avenida 9-45, Ciudad de Guatemala, Centro Universitario Metropolitano conocido como el CUM