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Doña Josefa Teresa de Busto y Moya manifiesta la necesidad de fundar el "Colegio de Padres de la Compañía de Jesús" para la enseñanza y educación de los niños. Siendo la principal benefactora de este Colegio donó, entre otras aportaciones, la casa en la cual se fundó el Hospicio de la Santísima Trinidad
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El 20 de agosto de 1744 el rey Felipe V expidió una Real Cédula en que erigía como Colegio de la Santísima Trinidad al antiguo Hospicio de Jesuitas. En este año muere el gran benefactor del Colegio, don Pedro Lascuráin de Retana, quien además de ayudar en el sostenimiento de los sacerdotes, heredó al Colegio
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El 25 de junio fueron expulsados los jesuitas del territorio de la Nueva España, consecuencia de ello el Colegio de la Santísima Trinidad se cerró por un lapso de 18 años.
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A principios de 1785 se estableció un seminario de estudios con el nombre de Real Colegio de la Purísima Concepción otorgando la custodia de los bienes de los jesuitas a los sacerdotes del oratorio de San Felipe Neri.
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El 28 de enero toma posesión de la Intendencia de Guanajuato Juan Antonio de Riaño y Bárcena importante impulsor de la instrucción pública en la región. Se debe a este personaje y a su esposa Victoria Saint-Maxent, la introducción de los estudios del francés y su literatura, y por primera vez la enseñanza de las matemáticas.
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Debido a la guerra que se desarrollaba se tuvieron que cerrar las Instalaciones
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A iniciativa del gobernador, en 1827 el Congreso Constituyente del Estado determinó que la educación fuese costeada por el Estado y que la Casa de la Moneda desocupara el edificio del Colegio.
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En enero de 1831 quedó abierta al público la Biblioteca del Colegio, siendo los estudiantes los primeros bibliotecarios. El establecimiento de esta Biblioteca se remonta a una iniciativa del gobernador Carlos Montes de Oca, quien años atrás invitó al Ayuntamiento de la ciudad de Guanajuato a trasladar su acervo al Colegio.
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La actividad del Colegio se vio interrumpida por los levantamientos generados por las reformas liberales, la ciudad de Guanajuato fue ocupada por las tropas de Mariano Arista y se propagó la epidemia de cólera morbus. El Colegio fue desalojado y se estableció un hospital militar, hecho que mostró la carencia de médicos.
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A finales de la primera mitad del siglo XIX, el gobernador del estado Lorenzo Arellano reconoció que las grandes mejoras al Colegio no sólo beneficiaban a los estudiantes y a la ciudad, sino que eran un atractivo para los viajeros, que desde entonces disfrutaban conociendo el Gabinete de Minería y la extensa Biblioteca.
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El 30 de marzo se inauguró la Academia Teórico-Práctica de Jurisprudencia y se instaló la Honorable Junta Examinadora de Abogados en la antigua capilla del Colegio, hoy salón del H. Consejo General Universitario.
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El retorno de Antonio López de Santa Anna al poder no fue propicio para el ámbito educativo público, ya que en su última administración suprimió las escuelas profesionales en toda la República, sin embargo, el Colegio continuó sus actividades en la educación secundaria gracias nuevamente a la labor incansable de Marcelino Mangas.
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El 31 de octubre de 1856 se celebró el acto público del primer Curso de Matemáticas, establecido en el Reglamento de 1828 para las carreras de segunda y tercera enseñanza. Este documento muestra el reinicio formal de las actividades en el Colegio.
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Este año se restableció el orden institucional; en septiembre Manuel Doblado triunfó en las elecciones para Gobernador del Estado cargo en el cual impulsó una reforma al Plan de Estudios del Colegio y emitió un decreto en el que se establecían las bases para reactivarla
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Durante la intervención francesa en México, un grupo de estudiantes del Colegio de la Purísima Concepción manifestaron al Gobernador su intención de donar la cantidad destinada a los premios anuales para ayudar al ejército en la defensa nacional. Se aceptó la contribución, pero se celebró la tradicional ceremonia
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En el contexto de la Ley a nivel nacional, el Congreso Constitucional del Estado a través del decreto del 5 de enero de 1870 expide la nueva Ley General de Instrucción Pública en la que se consigna que el Colegio fuese, en adelante, Colegio del Estado.
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Durante el gobierno de Florencio Antillón se restablecieron en 1871 los estudios de Medicina, carrera que operó con gran prestigio hasta el año de 1882 cuando fue suprimida.
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En el año de 1877, el Séptimo Congreso estableció por decreto la Escuela de Profesor de Primera Enseñanza en el Colegio, carrera que se debía cursar en cinco años.
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En el año de 1880 se construyó en la azotea del Colegio, el Observatorio Meteorológico y Astronómico, en parte gracias a la iniciativa de Vicente Fernández. Diariamente se hacían observaciones que se trasmitían en el colegio.
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Este año se celebró el primer Concurso Fraternal, reunión que convocaba a quienes hubieran sido estudiantes del Colegio a tomar una ‘taza de té’ en el Patio de Estudios. La finalidad fue congregar a los hijos del Colegio en el lugar donde encontrarían sus recuerdos. La idea fue de Indalecio Ojeda, a la cual se unieron el gobernador Joaquín Obregón
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En los primeros días del año 1913, el gobernador Víctor José Lizardi presentó una iniciativa de ley, que fue decretada por el Congreso como Ley de Instrucción Preparatoria y Profesional.
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En octubre del año de 1915, el gobernador José Siurob Ramírez ordenó la clausura de las cátedras del Colegio con la intención de cambiarlo a un nuevo edificio que estaba en construcción en la Presa de la Olla.
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El año de 1926 se inauguró la Biblioteca Estudiantil, en el entrepiso del Edificio Central, la cual estaba formada por una sala de lectura con un acervo aproximado de 2 mil volúmenes. Aún se conserva la placa en la que fue la entrada a esta Biblioteca.
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En el año de 1933 se creó el Departamento de Cultura General y Extensión Universitaria, a cargo de Fulgencio Vargas, lo cual representó un importante antecedente de una de las funciones sustantivas que caracterizan a nuestra Universidad.
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Se reconstruyó la bóveda de cristal que cubría parte del Patio de Estudios, se colocó un vitral con el escudo de armas del Real de Minas de Santa Fe de Guanajuato, con el lema “La verdad os hará libres”. Actualmente, se conserva una parte del vitral, aunque del lado contrario de su emplazamiento original.
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El 6 de octubre de este año, se tiene la primera noticia del proyecto de un grupo de integrantes de las sociedades de alumnos del Colegio para crear lo que llamaron Universidad del Centro, asegurando que realizarían un mitin para pedir que el Colegio se convirtiera en Universidad.
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Con el apoyo del gobierno estatal y a iniciativa del director del Colegio del Estado, Lic. Armando Olivares Carrillo, la Institución se transformó en Universidad de Guanajuato
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El 22 de abril, el gobierno del estado encabezado por el Lic. Nicéforo Guerrero, cede a la Universidad el edificio adjunto, entre ésta y el Templo de la Compañía, antigua morada de los jesuitas
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El 16 de febrero se inauguran las escalinatas del edificio de Lascuráin de Retana y se abren las puertas del auditorio de la Universidad, en una ceremonia que enmarcaría el inicio de cursos
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El 20 de agosto se dan por concluidas las obras de construcción del edificio central comenzadas en 1950
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El gobernador Juan Ignacio Torres Landa nombró rector de la Universidad a Armando Olivares Carrillo, quien en esta gestión instauró la licenciatura en Historia y el servicio social universitario de los alumnos.
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En meses diferentes de este mismo año, se fundan la Asociación Sindical del Personal Académico y Administrativo de la Universidad de Guanajuato (ASPAAUG) y la Asociación Sindical de Trabajadores Administrativos de la Universidad de Guanajuato (ASTAUG). Con dichas asociaciones, se firma el primer Contrato colectivo de trabajo.
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El pleno del H. Consejo Universitario aprueba el Plan Institucional de Desarrollo 1987-1995 (PIDE), considerado como el primer documento institucional de planeación universitaria sistemática y con efectos normativos
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El 11 de mayo de 1994 fue aprobada la Ley Orgánica de la Universidad que la dotó de autonomía de gobierno, de patrimonio propio y de autoridad para decidir sus planes de estudio, el mecanismo de ingreso y permanencia de su personal, entre otras facultades de las que carecía.
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El 7 de agosto se coloca la primera piedra del entonces llamado “nuevo campus universitario”, o “Unidad de Ciencias Económico Administrativas” actualmente denominada Sede Marfil del Campus Guanajuato.
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El Banco de México emitió el billete de mil pesos (el de mayor denominación entre los que circulan en el país), en cuyo reverso aparece como emblema de identificación una imagen del Edificio de Lascuráin de Retana.
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Adopta un nuevo modelo académico y administrativo caracterizado por la organización y el funcionamiento departamental y matricial de su subsistema de educación superior, y por la integración de un subsistema de nivel medio superior con sus 10 escuelas de ese nivel.
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El 25 de junio, el H. Consejo General Universitario aprobó por unanimidad el Plan de Desarrollo Institucional 2010-2020. La visión del PLADI al año 2020 es la siguiente: “La Universidad de Guanajuato es reconocida por al comunidad académica internacional como una de las 100 mejores instituciones en el mundo”.
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En el ejercicio correspondiente a ese año, la UG fue ubicada en el lugar 109 en el Ranking Iberoamericano de Universidades, que evalúa la producción científica y su impacto.
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Se celebran los 70 años de la transformación del Colegio del Estado en Universidad de Guanajuato, justamente a siete décadas de la publicación -el 25 de marzo de 1945- en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado de Guanajuato, del Decreto número 82 donde se expide la Ley Orgánica de la Universidad de Guanajuato.