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Las ambiciones de Nuño Beltrán de Guzmán eran unir su gubernatura del Pánuco con los territorios occidentales, para emular e incluso superar a Hernán Cortés, con la Conquista de la Mayor España del Espíritu Santo. Pero la emperatriz Isabel decidió que todo debería quedar en el Reino de la Nueva Galicia, con capital en Compostela. Así el capitán Juan de Oñate fundó la villa de Guadalajara de Indias en el territorio de Nochistlán.
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La villa se trasladó a Tonalá, pero ante las presiones de Nuño de Guzmán –quien quería reservarse para sí, las tierras al sur de la región cazcana-, nuevamente emigró Guadalajara, ahora a Tlacotlán, donde fue asediada por los cazcanes, tecuejes y zacatecos acaudillados por Francisco Tenamaztlel, quienes ante las tropas del virrey Antonio de Mendoza, aceptaron la pacificación de fray Antonio de Segovia en el cerro del Mixtón.
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Tras la gran batalla del 28 de septiembre de 1541, y al grito de ¡El Rey es mi gallo! Ignorando a Beltrán de Guzmán, al fin Guadalajara se estableció por cuarta y última vez en el Valle de Atemajac, sobre el margen del río San Juan de Dios.
Ya para entonces el emperador Carlos V, la había elevado al rango de ciudad y le otorgaba un escudo de armas con los leones rampantes en un pino y con el yelmo coronado por la cruz de Jerusalén. -
El Colegio de Santo Tomás de Aquino a cargo de la Compañía de Jesús, inició en Guadalajara la impartición de la enseñanza media y superior y se otorgaron los primeros grados académicos.
En 1695 se estableció el Colegio de San Juan Bautista, para reforzar la educación impartida por los jesuitas. -
El obispo fray Felipe Galindo y Chávez en el documento Benedictionem dabit Legislator, comunicó a sus diocesanos que había pedido al rey Carlos II, que elevara al rango de universidad al recientemente fundado Real Seminario Conciliar de San José. Y así se inició casi un siglo de gestiones, para obtener la fundación de la Universidad de Guadalajara, cronológicamente la segunda de México, la cuarta de América del Norte y la decimocuarta de Iberoamérica.
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Al ser expulsados los jesuitas de todos los territorios hispanos en 1767, se clausuraron los Colegios de Santo Tomás y de San Juan.
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En 1771, entró en Guadalajara su vigésimo segundo obispo, fray Antonio Alcalde y Barriga, quien vendría a impulsar definitivamente la fundación de la Universidad.
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Durante este periodo hubo nueve rectores entre los cuales destacaron: José María Gómez y Villaseñor, figura principal durante el Gobierno Insurgente en Guadalajara, murió electo obispo de Valladolid. Juan José Moreno, humanista, gran biógrafo de Vasco de Quiroga. José Simeón de Uría, canónigo, diputado a las Cortes de Cádiz, destacó como el gran defensor de los derechos raciales de las castas y de los negros.
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José Ángel de la Sierra, liberal y colaborador del periódico insurgente “El Despertador Americano”. José Miguel Gordoa y Barrios, canónigo, diputado y presidente de las Cortes de Cádiz, le correspondió clausurarlas con un célebre discurso, diputado y presidente del primer Congreso Constituyente de México y primer obispo de la Guadalajara independiente.
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Con la decisiva intervención de Fray Antonio Alcalde y Barriga se recibió con gran júbilo en Guadalajara, la Cédula Real de la Fundación de la Universidad, que cronológicamente se convierte en la segunda de la Nueva España.
Se adopta el modelo de la Universidad de Salamanca e inicia con las cátedras de Medicina, Derecho, Teología y Filosofía. -
Se inauguró solemnemente la Real Universidad de Guadalajara, con la misa que ofició el deán de la catedral, Salvador Antonio Roca y Guzmán y el acto académico en el cual se leyó la Real Cédula de Fundación, se recibió el juramento de las autoridades y catedráticos fundadores y el doctor José Ángel de la Sierra, pronunció una emotiva oración latina.
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La Universidad sufre cierres y rupturas, que originaron cambios de denominación alternos entre Instituto de Ciencias del Estado, Universidad de Guadalajara y Universidad Nacional de Guadalajara, de acuerdo al grupo en el poder.
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Durante este lapso, la denominación Universidad de Guadalajara desapareció.
La enseñanza media y superior pasó al dominio directo y total del Gobierno del Estado de Jalisco, administrándola a través de organismos: la Junta Directiva de Estudios, la Dirección de Instrucción Pública, el Consejo Superior de Instrucción Pública y la Dirección de Instrucción Pública, el Departamento de Educación Preparatoria y Profesional y la Dirección General de Educación y Beneficencia Públicas. -
El gobernador de Jalisco Manuel M. Diéguez funda la Escuela Preparatoria de Jalisco como una institución precursora.
Esta escuela ha formado parte del patrimonio inmobiliario de la Universidad de Guadalajara y la tradición recoge en las centenarias aulas, a las más preclaras figuras de los maestros de siempre. -
El gobernador José Guadalupe Zuno instaura nuevamente la Universidad de Guadalajara, luego de 65 años de prolongada ausencia.
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La Universidad fue dirigida por rectores como el citado Díaz de León y los doctores Fernando Banda, Jesús Delgadillo Araujo, Juan Campos Kunhardt y Manuel Alatorre, entre otros.
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El rector Díaz de León en el Primer Congreso de Universitarios, realizado en la ciudad de México, impulsó enérgicamente la educación socialista. El intento de aplicar este modelo, trajo consigo serios disturbios que llevó al gobernador Sebastián Allende a clausurar la Universidad
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En este periodo de tiempo la Universidad tuvo un total de catorce rectores, entre ellos los médicos Luis Farah, José Barba Rubio y Roberto Mendiola; los abogados Rodolfo Delgado, Ignacio Jacobo, José Parres Arias y Enrique Javier Alfaro Anguiano; y los ingenieros Jorge Matute y Hugo Vázquez.
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Para evitar que la Universidad Autónoma de Guadalajara, se apoderada de la histórica denominación de Universidad de Guadalajara, el Congreso del Estado de Jalisco restauró nuevamente la Universidad, nombrándose al licenciado Constancio Hernández Alvirde como vigésimo primer rector.
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En los años ochenta, la universidad se declara como una institución educativa nacional, democrática y popular.
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Durante el rectorado del licenciado Raúl Padilla López, se inicia el proceso de reforma universitaria que actualiza el modelo académico.
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Con el interés de situar al país en sintonía con los cambios de la economía, se promovió una reforma en la administración pública para reducir la centralización excesiva y otorgar mayor autonomía a los estados y municipios en diversos campos de la administración pública, como el educativo. Las políticas nacionales de educación superior se orientaron hacia el aseguramiento de la calidad y la pertinencia; todos estos propósitos quedaron plasmados en el Plan de Desarrollo Institucional.
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El pleno del Consejo General Universitario discutió y aprobó el documento “Bases para la discusión de la Reforma en la Universidad de Guadalajara”, que contenía un diagnóstico sobre la Casa de Estudio y proponía desconcentrar los servicios y funciones de la institución hacia las diferentes entidades universitarias. Con el objetivo de conformar una institución más ágil, dinámica y abierta a las oportunidades del contexto.
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El Consejo General Universitario aprobó la realización de una amplia consulta entre la comunidad universitaria y la sociedad, la cual inició en 1991 y culminó en agosto de 1992. Sus resultados sirvieron para el diseño de las primeras iniciativas del cambio, entre las que se encontraban la creación de nuevas instancias de planeación, órganos colegiados y entidades universitarias.
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El CGU aprobó el Estatuto del Personal Académico de la Universidad de Guadalajara, en el que se establecía un nuevo Reglamento de Ingreso, Permanencia y Promoción del Personal Académico, el cual sentaba las bases para el desarrollo y profesionalización del personal de carrera.
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El Congreso del Estado de Jalisco aprobó la nueva Ley Orgánica de la UdeG. Se reconoció la autonomía universitaria en materia de planeación académica y administración de los recursos; se adoptó el modelo departamental y el sistema de créditos. Ese mismo año se crearon los centros universitarios temáticos y regionales, se conformó el Sistema de Educación Media Superior y se nombraron a los coordinadores ejecutivos en las regiones. Conformarían los patronatos de los centros universitarios y SEMS.
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Se incrementó la infraestructura y los servicios de apoyo académico en los centros universitarios y se realizaron las primeras auditorías externas a la Universidad. En el año 2000, iniciaron funciones los campus Universitarios del Norte y de Los Valles, mismos que serían transformados en centros universitarios en 2004. Además se conformó la Red Radio Universidad de Guadalajara, actualmente integrada por 8 emisoras al interior del Estado.
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En 2004, se creó el Centro Universitario de Los Lagos y en 2005 se constituyó el Sistema de Universidad Virtual. En el año de 2008, siendo Rector General Carlos Briseño Torres, la Universidad aprobó y entró en vigor la reforma al Bachillerato General por Competencias.
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Se creó el sistema de la universidad virtual, que ofrece los servicios educativos desde ambientes visuales, en todas las regiones del país y el mundo.
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Carlos Jorge Briseño Torres Durante su gestión como Rector General, se inauguró el Auditorio Metropolitano, primer recinto del Centro Cultural Universitario.
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Al inicio de su rectoría, la Universidad de Guadalajara actualizó su Plan de Desarrollo Institucional, visión 2014–2030. Además de que se iniciaron las gestiones para un nuevo centro universitario ubicado en Zapotlanejo, Jalisco.
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El Congreso del Estado de Jalisco aprobó, en sesión ordinaria, el dictamen de la Comisión de Cultura parar declarar Benemérita a la Universidad de Guadalajara, “por los beneficios que en materia educativa ha proporcionado al Estado de Jalisco, desde su fundación”, de acuerdo con el artículo 1º del decreto del dictamen.