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Considerado el padre de la microbiología. Observó los primeros organismos a través del microscopio, a los cuales denominó animáculos. -
Desarrolló un sistema de nomenclatura binomial, basado en la utilización de un primer término indicativo del género, escrito en letras mayúsculas, y una segunda parte correspondiente al nombre específico de la especie descrita, escrita en letra minúscula y agrupó los géneros en familias, las familias en clases, las clases en tipos (fila) y los tipos en reinos. -
Autor de Zoologiae Danicae Prodromus, primer estudio de la fauna de Noruega y Dinamarca, clasifico 3.000 especies locales.
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Publicó en la "Zeitschrift für rationelle Medicin" (Revista de Medicina racional), centrandose en el epitelio y sus derivados. Identificó la capa endotelial en los vasos sanguíneos, analizó el sistema de asas en el riñón y describió la vaina de la raíz del cabello, importante para su regeneración. Utilizando los nuevos conocimientos adquiridos con el uso del microscopio, querían redefinir la patología.
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Invención de la pasteurización, que constituye una base fundamental de la preparación de alimentos del tipo conservas y lácteos. evitando «las enfermedades del vino «y de la cerveza, demuestra que los hongos de los vinos, siempre presentes, son los causantes de la fermentación acética, responsable de malograr la formación y conservación del vino. Señala que si se calienta el vino durante un minuto con la botella cerrada (69-75°C), se evita su descomposición. -
Descubrió el bacilo de la tuberculosis, además descubrió que las enfermedades contagiosas se debían a microorganismos. En la India, aísla e identifica en Calcuta el bacilo del cólera. -
Participo en la era de la quimioterapia, descubre el primer compuesto antibacteriano, mismo que resulta efectivo contra el causante de la sifilis, es decir, la espiroqueta.
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Descubre la penicilina (obtenida del hongo "Penicillium Notatum), tratando así la neumonía, infecciones del oído y de la boca. -
Cultivo virus en cultivos celulares, eso permite un medio para la producción de cultivos víricos para el desarrollo de las vacunas.