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nacio el ocho de octubre en bahia blanca en el seno de una familia judia ucraniana. Fue hijo de Lázaro Milstein quien había llegado a Argentina a los catorce años desde una pequeña aldea cercana a Kiev, en Ucrania.
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Permaneció en Bahía Blanca hasta 1942, cuando se trasladó a la Capital Federal para estudiar en la Universidad de Buenos Aires (UBA).
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se traslado a la capital federal para estudiar en la universidad de buenos aires (uba) .se graduo de licenciado de ciencia quimica en la facultad de ciencias exactas y naturales a los 25 años de edad
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recibio su doctorado en quimica y un premio especial por parte de la sociedad bioquimica argentina
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fue becado por la universidad de cambridge donde consiguio su segundo doctorado trabajando bajo la direccion del bioquimico molecular frederick sanger
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Milstein regresó a la Argentina en 1961 para hacerse cargo de la División de Biología Molecular del Instituto Nacional de Microbiología, pero sólo estuvo un año en el cargo para regresar a Inglaterra tras el golpe militar de 1962.
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En 1983, Milstein fue nombrado jefe y director de la División de Química, Proteínas y Ácidos Nucleicos de la Universidad de Cambridge. Por su trabajo en el desarrollo de anticuerpos monoclonales obtuvo el Premio Nobel de Fisiología o Medicina en 1984
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Por su trabajo en el desarrollo de anticuerpos monoclonales obtuvo el Premio Nobel de Fisiología o Medicina en 1984.
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La Universidad Nacional del Sur de Bahía Blanca, ciudad natal de Milstein, decidió otorgarle en 1987 el título de Honoris Causa a modo de reconocimiento de sus logros académicos.
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En 1993 recibió el Premio Konex de Brillante junto a René Favaloro por su legado a las Ciencias y Tecnología de la Argentina, otorgado por la Fundación Konex
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El 15 de diciembre de 1999 Milstein dio una de sus últimas charlas en el marco de la Universidad de Buenos Aires, en la Facultad de Ciencias Exactas a la que tituló "La curiosidad como fuente de riqueza".
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Falleció el 24 de marzo de 2002 en Cambridge, Inglaterra, víctima de una afección cardíaca, a los 74 años de edad. Para su funeral le pidieron a sus familiares que enviaran algunas palabras para la ceremonia.
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En marzo de 2010 se estrenó el documental Un Fueguito.En el se recogen testimonios de su esposa Celia, y de sus colaboradores y colegas en Cambridge. La película fue declarada de Interés Nacional por el Ministerio de Educación de Argentina, y tuvo apoyo financiero del Ministerio de Ciencia y Tecnología de la Nación, la Fundación Instituto Leloir y la compañera de toda la vida de César Milstein, Celia Prilletensky.
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La Universidad Nacional del Sur de Bahía Blanca, ciudad natal de Milstein, decidió otorgarle en 1987 el título de Honoris Causa a modo de reconocimiento de sus logros académicos. Este le fue entregado en diciembre de ese año aprovechando la visita del premio Nobel a la ciudad en el marco de un Congreso Internacional Sobre Anticuerpos Monoclonales en Oncología.