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En 1927, un grupo de educadores se unió para establecer una institución de educación técnica con el objetivo de brindar carreras intermedias a los bachilleres colombianos. Tras pasar por evaluaciones del Ministerio de Educación Nacional, la institución recibió la autorización para comenzar a ofrecer sus programas educativos.
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El Ministerio emitió la Resolución No. 15572 del 25 de octubre de 1978, otorgando la licencia de funcionamiento a la Escuela Colombiana de Carreras Intermedias, especializada en Tecnología de Plásticos, Electromedicina, Electrónica Industrial y Mecánica Automotriz.
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El 11 de marzo de 1980, la institución obtuvo la aprobación del plan de estudios para los programas registrados a través de la Resolución No. 03367. Posteriormente, el 28 de marzo de 1985, se le otorgó la personería jurídica a la Escuela mediante la Resolución No. 2683 por parte de las autoridades competentes.
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El 28 de marzo de 1985, las autoridades competentes concedieron la personería jurídica a la Escuela mediante la Resolución No. 2683.
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La Escuela comenzó a ofrecer nuevos programas educativos, como Mecánica Industrial, Ciencias de la Computación, Telecomunicaciones, entre otros, luego de que entrara en vigencia la Ley 30 de 1992. Todos los programas cumplen con los requisitos necesarios y están registrados ante el ICFES, brindando así a los bachilleres colombianos la oportunidad de cursar estudios técnicos y profesionales en diferentes áreas.
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En septiembre de 1995, la Universidad Santiago de Cali y la Escuela Colombiana de Carreras Industriales firmaron un convenio de colaboración para promover actividades conjuntas en formación académica, intercambio de docentes y alumnos, investigación y desarrollo tecnológico. Esto permitió mejorar la educación y servicios a los estudiantes, incluyendo la implementación de programas de formación para ingenieros por ciclos, cumpliendo con los requisitos del ICFES.
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Desde 1996 hasta la actualidad, la Escuela ha impartido educación de manera continua en diversas áreas de la ingeniería, como la Bioingeniería, Ingeniería Eléctrica, Ingeniería Industrial, Ingeniería Mecánica, Ingeniería de Plásticos e Ingeniería de Sistemas. Actualmente, la institución cuenta con aproximadamente 4000 estudiantes matriculados en las mencionadas disciplinas.
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La Escuela recibió el premio "Mención Mundial al Prestigio" de la Agrupación Internacional de Mercadotecnia y Calidad en 1999, durante una ceremonia en la Ciudad de México. Este reconocimiento refuerza el compromiso de la Escuela de seguir mejorando y brindando servicio a sus estudiantes.
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El compromiso con la educación colombiana queda demostrado una vez más al ser reconocida nuestra institución como Universidad ECCI el 19 de agosto de 2014 a través de la Resolución 13370 del Ministerio de Educación Nacional.
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La Universidad ECCI celebra 45 años de historia en el año 2017, además de obtener la recertificación por parte de ICONTEC y la inauguración de una nueva sede en la misma fecha.
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El 30 de Noviembre de 2018 se llevó a cabo la apertura de la nueva sede "Crisanto Luque" en el corazón de Bogotá.
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En el año 2019 se llevó a cabo la apertura de CEINTECCI, un centro dedicado a la investigación y la innovación en tecnología y ciencia.
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En el año 2020, la Universidad ECCI fue destacada por el Ministerio de Educación por obtener excelentes resultados en las pruebas Saber Pro 2020.
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En el año 2021 se inauguró la nueva Sede Sur en Bosa, en el lugar que antes albergaba las oficinas de Protabaco.
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El Ministerio de Ciencias, Tecnología e Innovación otorgó a la universidad ECCI el reconocimiento de su Centro de Investigación e Innovación en Tecnología y Ciencia (CEINTECCI).
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En 2023, Puerto Asís y la Universidad ECCI establecen acuerdos de colaboración académica con el objetivo de beneficiar a los estudiantes de esta localidad.