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Fu primogenito dei quattro figli di Domenico Colombo e Susanna Fontanarossa, gestori dapprima di una piccola azienda tessile e successivamente, in seguito al trasferimento da Genova a Savona, di un'osteria. Colombo trascorse l'infanzia seguendo i genitori nella nuova abitazione sita in vico Diritto di Ponticello, mentre le informazioni sul suo conto diventano note a partire dal 1470, quando la famiglia si spostò a Savona. Con molta probabilità, nacque all'interno del territorio genovese.
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Dopo avere prestato servizio sotto Renato d'Angiò nel 1473 cominciò l'apprendistato come mercante al servizio delle famiglie genovesi. Nel 1473 partì alla volta di Chio in Grecia e vi rimase circa un anno. In seguito giunse nel Portogallo. Successivamente approdò a Galway in Irlanda e nel 1477 raggiunse l'Islanda. Verso il 1479, continuando a curare i commerci per conto della sola famiglia Centurione,Colombo si trasferì temporaneamente a Lisbona per poi fare, dopo poco tempo, ritorno in Liguria.
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Nel 1483 Colombo presentò i suoi piani al re del Portogallo, proponendogli di equipaggiare tre navi affinché salpassero verso l'Atlantico, cercando una via per le Indie. Giovanni II espose la proposta ai suoi consiglieri, i quali espressero un parere negativo.Nel 1488 provò di nuovo ad appellarsi al re del Portogallo il quale lo respinse a causa del ritorno di Dias dalla circumnavigazione a sud dell'Africa. Negli anni seguenti si rivolse sia ad Enrico VII d'Inghilterra che ai sovrani di Francia.
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Poco tempo dopo si trasferì da Madera nuovamente a Lisbona, dove il fratello Bartolomeo lavorava come cartografo. Fu probabilmente in questo periodo della sua vita che nella mente di Colombo cominciò a prendere forma il disegno della rotta breve per le Indie. Sempre a questo periodo risalirebbe l'incontro tra il navigatore genovese e un naufrago il quale, in punto di morte, tracciò una mappa delle lontane terre oltre oceano che fu d'ispirazione per Colombo. Nel 1485 la moglie morì.
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La partenza avvenne il 3 agosto 1492 da Palos con 120 uomini, navigarono per un mese Colombo.In ottobre un marinaio a bordo della Pinta, avvistò la terra. Sbarcò su un'isola che battezzò San Salvador.Successivamente esplora Haiti dove la Santa Maria urtò uno scoglio e dovette essere abbandonata. Il 2 gennaio 1493 riprese la rotta verso l'Europa. Dopo che una tempesta lo costrinse ad attraccare alle Azzorre, arrivò nel porto di Lisbona il 4 marzo; qui incontrò il re del Portogallo Giovanni II.
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Nel 1493 Colombo avviò una seconda spedizione con l'obiettivo di creare una colonia. Tutti coloro con i quali partì Colombo durante la spedizione trovarono difficoltà ad adattarsi e andarono incontro a malattie sconosciute allora agli europei.Nel 1496 tornò in Europa; due anni dopo partì e scoprì l'isola di Trinidad. Nel 1500 Colombo venne riportato in Europa in stato di prigionia Due anni dopo, egli effettuò l'ultimo viaggio; fece tappa prima in Honduras e successivamente in Nicaragua e Panama.
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Alla fine del 1504 decise di non lasciare più il Regno di Castiglia. Risiedeva a Siviglia. Inviava lettere al figlio, Diego, divenuto cortigiano di corte chiedendo incontri con i reali che non ebbero mai luogo. La regina Isabella era morta mentre il Re e la corte non compresero l'importanza delle sue scoperte né accettarono il suo memoriale sui torti ricevuti. Morì a Valladolid il 20 maggio 1506 a causa di un attacco di cuore dovuto alla sindrome di Reiter.
