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Las secuencias conocidas como CRISPR fueron identificadas por primera vez por un grupo de científicos japoneses en 1987
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Además de la anterior vez, la célula también fue descubierta a principios de los noventas por el científico Francisco J. M. Mojica en una arquea Haloferax mediterranei, los resultados fueron publicados en 1993.
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En el año 2000, Mojica y sus colaboradores detectaron un gran número de estas secuencias repetidas en bacterias, arqueas y mitocondrias y propusieron el nombre “Short Regularly Spaced Repeats” (Repeticiones cortas regularmente espaciadas).
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Unos años después, Mojica propuso y acuño el acrónimo CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palyndromic Repeats), esta última fue la que se quedó al final gracias a que una revista publicada en 2002 también uso el termino; de hecho, en esa misma publicación se describió por vez primera un conjunto de genes, algunos de los cuales codifican nucleasas o helicasas putativas, asociados a las secuencias repetidas CRISPR.
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En el año 2005, tres grupos de investigación independientes enseñaron que algunos de los espaciadores de los CRISPRs se derivan de diversas fuentes de ADN, como ADN de fagos y ADN extracromosomal como los plásmidos.
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En el 2007, Barrangou, Horvath (científicos de la industria alimenticia en Danisco) y el grupo de Moineau en la Universidad Laval (Canadá), mostraron que podían alterar la resistencia de Streptococcus thermophilus a ataques de fagos con ADN.
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En el año 2012, Jennifer Doudna y Emmanuelle Charpentier publicaron en Science un trabajo que mostraba cómo CRISPR podría utilizarse a modo de herramienta de ingeniería genética. La promesa no era poca. Usando esta proteína, científicos de todo el mundo podrían eliminar o insertar secuencias de ADN en células de una manera precisa. Desde entonces, en laboratorios de todo el mundo se ha editado ADN en células de diversas especies, incluidos ratones y monos, así como en embriones humanos.