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Este golpe marcó el inicio de importantes transformaciones económicas. Se nacionalizaron los bancos y el comercio exterior en un intento de frenar la concentración de poder económico. Estas medidas buscaban también evitar una revolución armada, pero generaron gran polarización social.
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Se implementaron políticas neoliberales como la privatización de empresas estatales, la reducción del gasto público y la apertura al comercio internacional. Se comenzó la transición hacia una economía de libre mercado, rompiendo con la intervención estatal que se había promovido en los 80.
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Se sustituyó el colón salvadoreño por el dólar estadounidense como moneda oficial. Esta medida fue promovida por el presidente Francisco Flores (ARENA) como una forma de atraer inversión extranjera y estabilizar la economía, pero también redujo el control del país sobre su propia política monetaria.
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Aunque no se eliminaron las reformas neoliberales, se introdujeron programas sociales como Ciudad Mujer, paquetes escolares, entrega de uniformes y útiles escolares, y se enfocó el gasto público en reducir la pobreza y la exclusión social.
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Se impulsa una modernización digital del Estado y grandes proyectos de infraestructura. En 2021 se convierte a El Salvador en el primer país del mundo en aceptar el bitcoin como moneda de curso legal, lo cual genera debates internacionales y cambia la dinámica económica del país.