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El 13 de agosto de 1521 terminó prácticamente la conquista de la ciudad de México.
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En 1522 escribió Cortés al Emperador, dándole cuenta de todo lo que había llevado a cabo y proponiéndole que dejase a ese territorio el nombre de Nueva España. Cortés se reveló siempre como un buen gobernante.
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El primero de los propósitos educativos en la época colonial fue la evangelización de los aborígenes. Dicha obra educativa fue iniciada con fervor por los misioneros franciscanos. Juan de Tecto, Juan de Aora y Pedro de Gante formaron la avanzada (1523) de esta orden
religiosa. Un año después tocó tierras mexicanas el segundo contingente de ellos, encabezado por fray Martín de Valencia. -
El órgano supremo del rey para el Gobierno de las Indias era el Consejo Real y Supremo de las Indias, fundado en 1524. Su poder era soberano en los ramos legislativo, administrativo y judicial. Expedía ordenanzas, provisiones y reales cédulas; nombraba funcionarios, organizaba expediciones y descubrimientos y le correspondía la jurisdicción civil y criminal en última instancia.
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La primera audiencia de México fue creada por Carlos \ . en 1527. Algunos de sus miembros no estuvieron a la altura de su deber. La segunda, nombrada por el mismo Emperador, realizó una obra digna de encomio.
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Ante situación tan dolorosa, Vasco de Quiroga creó en México (en Santa Fe), hacia el año de 1532, para
remediarla, una institución educativa de tipo socialista (Quiroga era un asiduo lector de la Isla de la Utopía, de Tomás Moro). -
fundó Quiroga, a instancias del Gobierno
de la Nueva España, otro hospital en Morelia. Ya antes había fundado (1540), en Pátzcuaro, el Colegio de San Nicolás, trasladado en 1541 a Valladolid. Su actividad en Michoacán fue extraordinaria: recorrió la provincia organizando hospitales y escuelas, de acuerdo con las necesidades y características rurales de cada región. -
Al mismo tiempo, el canónigo de la catedral de Oaxaca, don Antonio de Santa Cruz,
gestionó el establecimiento de la Compañía en la ciudad, lo mismo que un colegio; el P. Sánchez accedió, y designó para fundadores de la Residencia y del Colegio a los PP. Diego López y Juan Rojel. -
El Provincial de la Compañía dispuso que los
PP. Alonso y Juan Rojel —este último hasta entonces Rector del Colegio de Pátzcuaro, por estar acostumbrado a vivir en climas cálidos y a tratar con la gente de mar—, pasaran a fundar la Residencia de Veracruz. -
El 9 de mayo de 1578, el P. Sánchez, acompañado del P. Diego López de Mesa, que quedó como Superior de la Residencia, tomó posesión jurídicamente de las casas de la Compañía en Puebla, en donde habría de fundarse el Colegio del Espíritu Santo. Más tarde se estableció allí mismo el Colegio de SanGregorio.
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El año de 1586, el Cabildo de Guadalajara se dirigió al Provincial, pidiendo que la Compañía se estableciera en aquella Diócesis, reforzándose esta petición con la que hacía el obispo don Domingo de Arzola.
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Por el año de 1779, había un catedrático de Teología escolástica y dogmática, otro de Cánones y tres de Filosofía; el que daba la cátedra de Artes, que se principiaba anualmente el día de la festividad de San Lucas (como se observó desde el principio en todos los colegios jesuítas), debería seguir leyendo Física a los que hubieran comenzado el año anterior, preparando así el curso de Metafísica que el mismo "leería" posteriormente.
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Desde 1786 los gobernadores se reemplazaron con intendentes y los alcaldes mavores y
corregidores con delegados y subdelegados de aquéllos. Cada población tenía, además, su ayuntamiento, compuesto de varios alcaldes, de regidores y de un síndico. Dichos cargos eran: unos, hereditarios; otros, de elección, y otros, vendibles en subasta.