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La época colonial comprendió aquel periodo en el cual la corona Española consolidó su poder en territorio americano; por ello la educación se encontraba, mayoritariamente, en manos de la iglesia católica y respondían exclusivamente ante esta.
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Mediante la cédula real, el rey Felipe IV le otorga al Arzobispo Fray Cristóbal de Torres la licencia para fundar el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario
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La Universidad del Rosario nace en la época de la colonia, en lo que fue conocido como "La Nueva Granada", con la iniciativa de Fray Cristóbal de Torres y la aprobación del rey Felipe IV.
Esta institución se caracterizaría por depender directamente de la corona Española, en lugar de la iglesia Católica, a diferencia de otras instituciones educativas de la época en América. -
Si bien Fray Cristobal de Torres realiza el nombramiento de dos Dominicos, orden a la cual él mismo era perteneciente, como rectores, se mantiene fiel a sus principios de impartir una educación laica; por lo cual deshace el nombramiento de ambos Dominicos en el momento en que estos manifiestan querer hacerse con el control de la universidad
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La institución de la Colegiatura nace con la fundación misma de la universidad en 1653, este es uno de los órganos de gobierno que reafirma el carácter independiente y laico del Colegio Mayor, así mismo, consolida el principio de una Universidad de y para los estudiantes.Esta organización emula el modelo Salamantino.
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Tras nombrar como Rector a su sobrino Don Cristóbal de Araque, Fray Cristóbal se propone a redactar las Constituciones del Colegio Mayor; este documento se encuentra organizado en forma de estatutos, y en el se encuentran las disposiciones relativas a la enseñanza, elección del rector y vida en el claustro, resaltando especialmente el carácter laico e independiente de la institución.
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Ante la insistencia de los Dominicos de hacerse con el control de la institución, su fundador entabla una demanda legal en contra de toda la orden, la cual es admitida por el rey Felipe IV quien a su vez se declara como protector del Colegio Mayor y ratifica las constituciones de Fray Cristobal, dándole inicio a la institución del Patronato.
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Actualmente, hemos mantenido fundamentalmente las instituciones que inicialmente fundamentaron nuestra universidad, sin embargo, procurando siempre avanzar y evolucionar tanto a nivel organizacional como académico, manteniendonos fieles a nuestro lema "nova et vetera"