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Este importante cargo lo llevó el Licenciado Francisco Marroquín quien fundó una diócesis e invitó a establecerse en Guatemala a frailes dominicos importantes con el motivo de fundar un convento en Almolonga entre quienes estaban, Fray Bartolomé de las Casas, Fray Pedro de Angulo, Fray Luis Cáncer y Fray Rodrigo de Ladrada.
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Debido a la importancia de la evangelización como medio de conquista y la influencia de la Iglesia el la política, pronto se iniciaron trabajos de urbanización. Se aprecia hoy en día, en los alrededores de Santiago de Guatemala, templos coloniales, construidos con el objetivo de evangelizar a los indígenas ya dispersos que agrupaban en pequeños grupos para que pudieran escuchar las doctrinas e ir a misa.
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El luto embargaba los inicios de capital española, su palacio mandado a pintar de negro por la viuda Beatriz de la Cueva, debido al fallecimiento de su esposo Don Pedro de Alvarado, en la batalla de Nochiztlán, México, fue sin duda una dolorosa pérdida no solo para su viuda sino también para el imperio invasor.
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Fue nombrada gobernadora de Guatemala quien firmó el acta llamada "La Sinventura Doña Beatriz", y tachó su nombre, gobernando por 40 horas, ya que una lúgubre y recia tormenta ya caía sobre la región acompañada por un sismo de media noche
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Se fundó la Audiencia de los Confines o Capitanía General de Guatemala y se estableció la Ciudad de Santiago de Guatemala como su capital.
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Se celebró el primer cabildo en el Valle de Panchoy, se asignaron los primeros terrenos para los sobrevivientes de la antigua ciudad destruida diseñando la ciudad para unos 5000 habitantes;
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Esta ciudad fue bautizada con el nombre de Santiago de Los Caballeros, en el día del Santo Patrón Santiago y funcionó como campamento militar comandado por Don Pedro de Alvarado quién trataba a los indígenas inhumanamente, no teniendo ellos más opción que huir a lugares remotos y escondidos en la selva.
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La primera capital de Guatemala fue establecida el 25 de julio de 1554 por Don Pedro de Alvarado, quién fue enviado por Hernán Cortés desde México para la conquista de Guatemala en Diciembre de 1553.
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Conservando el nombre de Santiago de Guatemala, establecieron una nueva ciudad en las faldas del hoy conocido Volcán de Agua.
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Extendió el título de "Muy Noble y Muy Leal Ciudad de Santiago de los Caballeros de Guatemala"
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Muchos templos religiosos y gubernamentales fueron destruidos por los constantes sismos cuando La Ciudad de Santiago de Los Caballeros había alcanzado su mayor esplendor. Pero ningún sismo parecía desanimar a los pobladores que residían en el lugar.... No fue cuando los terremotos de Santa Marta destruyeron según algunos historiadores "casi completamente la ciudad".
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El Capitán General Martín de Mayorga propuso el traslado de la ciudad a los miembros de la real audiencia al valle de la ermita. Muchos se opusieron al traslado temporal, que con el tiempo se formó oficial debido a las cédulas reales emitidas.
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Con el tiempo la ciudad fue abandonada por la mayoría, y sus ruinas despojadas de las obras de arte y demás muebles coloniales. Mayorga obtuvo una Real Cédula de su Majestad aprobando la traslación provisional de la capital al valle de la Ermita, y desde entonces se le conoce como La Antigua Guatemala.
