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Puppy Linux fue creado por Barry Kauler. La primera versión, Puppy 0.1, fue lanzada en junio de 2003.
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Se lanzó Puppy Linux 1.0 en marzo de 2005. Esta versión inicial ya destacaba por su tamaño compacto y velocidad de arranque.
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Puppy Linux 4.1 fue lanzado en julio de 2008, introduciendo mejoras significativas y nuevas características.
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Puppy Linux 5.0, llamado "Lucid Puppy", fue lanzado en mayo de 2010. Esta versión se basó en el paquete binario Ubuntu Lucid Lynx.
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Barry Kauler dejó el desarrollo principal de Puppy Linux. El proyecto fue continuado por otros desarrolladores de la comunidad.
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Se lanzó Puppy Linux 5.7 "Slacko" en octubre de 2013, basado en Slackware y compatible con los paquetes binarios de Slackware.
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Puppy Linux 8.0 "BionicPup" fue lanzado en mayo de 2019, basado en el paquete binario Ubuntu Bionic Beaver.
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Puppy Linux 9.5 "FossaPup" fue lanzado en junio de 2020, basado en el paquete binario Ubuntu 20.04 Focal Fossa.