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Probablemente, el primero en sentar las bases para esta futura ciencia fue el pedagogo eslovaco Jan Amos Komenský, Comenio (1592-1670), quien intentó acometer una profunda reforma pedagógica de su época en su obra Didáctica Magna.
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El pensamiento de Rousseau acabaría influyendo en su compatriota Johann Heinrich Pestalozzi (1746-1827), dedicado por entero a la educación de los niños pobres y, como él mismo afirmaba, a "psicologizar la instrucción humana”.
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El suizo Jean-Jacques Rousseau (1712-1778) sería el primero en abordar la estrecha relación existente entre el psiquismo y la educación en su tratado Emilio.
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También fue un referente para el pedagogo alemán Herbart Johann Friedrich, cuyas aportaciones sobre pedagogía aunaban la psicología y la ética.
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Algunas fuentes sitúan el nacimiento de prácticas que le son propias a la psicopedagogía en Estados Unidos durante la segunda mitad del siglo XIX, fuertemente influidas por el positivismo científico de Auguste Comte. Como síntomas de esta preocupación creciente por modernizar y universalizar la educación encontramos la aprobación de la Ley Educativa Obligatoria en Rhode Island.
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El desaparecido Museo Pedagógico Nacional, nacido como Museo de Instrucción Pública en 1882, e instalado en Madrid, fue una de las primeras instituciones promovidas por la Institución Libre de Enseñanza. Dirigido desde su creación por Manuel Bartolomé Cossío, supuso una ruptura radical con el método tradicional de la enseñanza y la introducción de nuevas perspectivas en la educación y la Pedagogía.
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Ya en los primeros años del siglo XX, en pleno auge del control positivo y a la experimentación experimental, teóricos como el psicólogo alemán Hugo Münsterberg (1863-1919) abogarían por la psicotécnica pedagógica.
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Hubo que esperar hasta 1908 para ver publicado por primera vez el concepto psicopedagogía. En esa fecha, se pudo leer la palabra psycho-pédagogie en Essais de Pédologie générale, editado en París y escrito por G. Persigout.
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Tal y como recogen Ángel C. Moreu y otros autores (2002), el primero en utilizar este concepto en Italia fue Emilio Galli, quien lo mencionaba en un texto publicado en Milán en 1911, y en el que establecía las pautas de los exámenes psicopedagógicos. Además, fue allí donde aparecía por primera vez la figura del profesional que se ocupa de llevar a cabo este proceso, bautizado por Galli como psicopedadogo.
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En España, el primer trabajo en el que se cita el término psicopedagogía lleva por título "Nuevo tratamiento de la sordera", de la pedagoga Francisca Rovira y publicado en Barcelona en 1914. Este mismo año también vio la luz la obra fundacional "Diagnóstico de niños anormales", de Anselmo González.
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En los años treinta asistimos a una cierta ordenación y consolidación en el sector de la psicopedagogía. Es en la Europa de entreguerras donde se pondrían en marcha interesantes movimientos de renovación pedagógica, reeducación de menores, educación especial para discapacitados y orientación psicopedagógica, aunque ralentizados por el estallido de la Segunda Guerra Mundial y la posguerra.
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Mientras tanto, al otro lado del Atlántico, Estados Unidos incluía la educación especial como parte del ámbito educativo.
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Aunque en Alemania la expresión pädagogische psychologie (psicología pedagógica) ya se utilizaba con normalidad en la última década del siglo XIX, el primero texto en el que se habla de psychologisch-pädagogisches, también dedicado a la sordera, data de 1933.
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Décadas después, algunas universidades de América Latina pondrían en marcha sus primeros programas de psicopedagogía. En España, el primer intento de institucionalizar esta disciplina tuvo lugar en 1992, aunque esto provocó conflictos con los profesionales de la pedagogía y la psicología. Afortunadamente, estas fricciones se saldaron de forma positiva.