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En marzo de 1999, mientras Marcos Galperín terminaba su MBA en la Universidad de Stanford escribió el plan de negocios de MercadoLibre
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Una vez terminado el MBA, se dedicó a conformar la compañía que fue presentada en sociedad el 2 de agosto de 1999 y que rápidamente se expandió a los siguientes países: Argentina, Brasil, Colombia, Chile, Ecuador, México, Perú, Uruguay y Venezuela.
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MercadoLibre firmó un acuerdo con eBay mediante el cual eBay se convirtió en el principal accionista de la compañía,5 MercadoLibre tomó las operaciones de iBazar de Brasil y ambas compañías se convirtieron en socias exclusivas para América latina
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En noviembre de 2005, MercadoLibre.com adquirió operaciones de DeRemate.com en Brasil (donde era llamado de Arremate.com), Colombia, Ecuador, México, Perú, Puerto Rico, Uruguay, y Venezuela
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A fines de 2006, MercadoLibre comenzó a operar en Costa Rica, Panamá y República Dominicana
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El 22 de enero de 2008, MercadoLibre adquirió el 100% de CMG Classified Media Group, Inc., o CMG y sus subsidiarias.4 CMG y sus subsidiarias operan como una plataforma de avisos clasificados online dedicada principalmente a la venta de automóviles a través de www.tucarro.com en Venezuela, Colombia y Puerto Rico, y de inmuebles a través de www.tuinmueble.com en Venezuela, Colombia, Panamá, Estados Unidos, Costa Rica y las Islas Canarias.
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El 18 de marzo de 2011 inaugura nuevas oficinas en Buenos Aires, luego de facturar 216 millones de dólares durante el año 2010. Además, alcanza los 52 millones de usuarios registrados
