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En 1821, con el logro de la Independencia, se mantiene la estructura básica con cuatro ministerios.
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Para 1835 con la creación del quinto ministerio (Ministerio de Relaciones Interiores), inicia el proceso de diversificación del sistema administrativo en materia de estructura y funciones.
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Con el gabinete del Presidente Juárez (1857 a 1872) se pretende alcanzar la obra de la revolución administrativa que permitiría al país consolidar y organizar su administración: previsión, organización, orden, método, economía, moralidad y una administración de justicia fueron los ejes rectores de esta reforma.
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Para 1861, con la separación entre el Estado y la Iglesia, comienza la institucionalización del gobierno, obteniendo competencias en materia educativa, servicios de correos y telégrafos, y la construcción de obras públicas.
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En el periodo presidencial de Porfirio Diaz (1877 a 1880 y de 1884 a 1911), la Administración Pública adquiere un carácter típicamente capitalista pues el Estado pretende el papel de actor principal de la sociedad y lo refleja en la Ley de Desarrollo. Así mismo, se implementó en el presupuesto la partida doble, reglamentos interiores de las diferentes secretarías y la consolidación de la deuda pública. También se estableció el ISR y es creada la Ley General de Pensiones Civiles de Retiro.
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En 1891 se creó la Secretaría de Comunicaciones y Obras Públicas.
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La promulgación de la Constitución de 1917 dio origen a una reforma administrativa para alcanzar los ideales revolucionarios; en la que se promueve la Ley de Secretarías que configura los órganos centrales en secretarías y departamentos administrativos.
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Para sistematizar el apoyo a diferentes secretarías y realizar estudios para mejorar la Administración Pública fue creado el Departamento de Contraloría (1918-1932).
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Otra secretaría con gran auge en este periodo fue la Secretaría de Educación Pública, creada en 1921, a la que se le otorgó la mayor partida económica.
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En los años veinte (1921-1929) se integraron las entidades paraestatales de forma más activa en sus diferentes formas: organismos descentralizados, empresa paraestatal o fideicomisos públicos.
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Para 1928 la Secretaría de Hacienda es asignada como unidad autónoma para la elaboración del Presupuesto de la Federación, incluyendo “estudios sobre la organización administrativa, coordinar actividades y sistemas de trabajo para lograr eficiencia en los servicios públicos”.
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Con las Leyes de Secretarías de Estado y Departamentos Administrativos se delega a los titulares de las dependencias centrales del sector público realizar modificaciones internas en sus respectivas instituciones; en algunos casos, las dependencias decidieron crear “comisiones de eficiencia” (1935-1939), para aprovechar sus recursos.
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La Segunda Guerra Mundial (1939-1945) influyó en el gobierno para reorganizar las actividades de la Administración Pública a través de la Comisión Intersecretarial para eliminar servicios no indispensables, optimizar al personal, aprovechar los fondos públicos, entre otros.
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Con la llegada de Miguel Alemán a la presidencia, se publica la Ley de Secretarías y Departamentos de Estado (1946), que establece a la Administración Pública como pilar para el desarrollo del capitalismo impulsando la actividad económica y la eficiencia en el servicio público.
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La Secretaría de Bienes nacionales e Inspección Administrativa (1946), se encargaría de administrar los bienes nacionales y vigilar el tesoro público; también se pondría en vigor el reglamento de control de adquisiciones y además se encargaría de realizar estudios organizacionales del gobierno federal, a cargo, de la Dirección de Organización Administrativa.
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En 1958 es decretada la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal, la cual, contiene el primer intento sobre la regulación en materia de organización y funcionamiento de la Administración Pública Federal.
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Durante la presidencia de Adolfo López Mateos, en materia de Administración Pública, se reformó la Ley de Secretarías y Departamentos de Estado (1958), en la cual se introduce la Secretaría de la Presidencia para formular los objetivos y procedimientos de la planeación económica y social del país. Para siguientes gobiernos, ésta fue la base de la programación-planeación; esta reforma administrativa trataba de agilizar, hacer eficaz y modernizar el aparato administrativo.
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Es creada la Comisión de Administración Pública (CAP), en 1965, que tiene como objetivos la eficiencia en el proceso de desarrollo económico y social, establecer técnicas de organización administrativa y preparación del personal gubernamental.
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En 1971 es creada la Secretaría de la Presidencia y la Dirección General de Estudios Administrativos (DGEA), que sustituyó a la CAP, y queda a cargo de las actividades en materia de reforma administrativa.
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Para su institucionalización se crea la Secretaría de Programación y Presupuesto (1978), en adelante, una sola secretaría se encarga de la programación, del presupuesto y del gasto público.
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Con la publicación del Plan Nacional de Desarrollo 1983-1988; se implementaron acciones de reorganización de las secretarías de estado; la reforma municipal; el Sistema Civil de Carrera; el Sistema de Coordinación del Secretariado Técnico de los Gabinetes; la simplificación administrativa; y la participación social.
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Durante el gobierno de Salinas de Gortari (1988-1994) se atendieron cuatro vertientes: i) desconcentración y descentralización; ii) desreglamentación administrativa; iii) agilización de trámites; y iv) modernización integral de los sistemas de atención al público.
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Se crea el Instituto Federal Electoral (1990)
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Se crea el Tribunal Federal Electoral. (1990)
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Se determina la autonomía del Banco de México. (1994)
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Para 1996, se decretó el Programa de Administración Pública (1995-2000) que contiene dos grandes objetivos: a) transformar la Administración Pública en una organización eficaz, eficiente y con cultura de servicio; b) combatir la corrupción y la impunidad.
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En el año 2000, se reforzo la esencia de la Administración Pública: mejorar la capacidad de los servidores públicos; desarrollar una eficaz y eficiente administración financiera; promover la innovación permanente, e impulsar las tecnologías de la información y comunicación.
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Para el 2009, entre la SHCP, la SEGOB y la SFP, determinaron una estrategia para reforzar el marco normativo interno de cada institución, por lo que se elaboraron los llamados Manuales Administrativos de Aplicación General.
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En 2010 se emitió un acuerdo presidencial para eliminar las normas administrativas innecesarias y homologar la operación de los procesos de adquisiciones, obra, recursos financieros, recursos humanos, recursos materiales, tecnologías de la información, transparencia, auditoría y control.