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El 5 de enero de 1532 el capitán Juan de Oñate fundó la villa de Guadalajara de Indias en el territorio de Nochistlán.
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En agosto de 1533 la villa se trasladó a Tonalá, pero ante las presiones de Nuño de Guzmán –quien quería reservarse para sí, las tierras al sur de la región cazcana-, nuevamente emigró Guadalajara, ahora a Tlacotlán, donde fue asediada por los cazcanes, tecuejes y zacatecos acaudillados por Francisco Tenamaztle, quienes ante las tropas del virrey Antonio de Mendoza, aceptaron la pacificación de fray Antonio de Segovia en el cerro del Mixtón.
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Guadalajara se estableció en el valle de Atemajac a mediados de febrero de 1542
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Al fundarse en 1586, el Colegio de Santo Tomás de Aquino a cargo de la Compañía de Jesús, inició en Guadalajara la impartición de la enseñanza media y superior y se otorgaron los primeros grados académicos.
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Matías Ángel de la Mota Padilla, quien en 1750 logró involucrar en el proyecto al Ayuntamiento de Guadalajara, corporación que continuó las gestiones hasta el final.
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El 12 de diciembre de 1771, entró en Guadalajara su vigésimo segundo obispo, fray Antonio Alcalde y Barriga, quien vendría a impulsar definitivamente la fundación de la Universidad.
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El 18 de noviembre de 1791, en el monasterio de San Lorenzo del Escorial, el rey Carlos IV otorgó la Cédula Real de Fundación de la Universidad
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De 1792 a 1821, hubo nueve rectores, entre los que destacaron el primero José María Gómez y Villaseñor, figura principal durante el Gobierno Insurgente en Guadalajara; Juan José Moreno, José Simeón de Uría, José Ángel de la Sierra, y José Miguel Gordoa y Barrios, canónigo, diputado y presidente de las Cortes de Cádiz, primer obispo de la Guadalajara independiente.
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El 26 de marzo de 1792 se recibió con gran júbilo en Guadalajara, la Cédula Real de la Fundación de la Universidad.
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El 3 de noviembre de 1792, se inauguró solemnemente la Real Universidad de Guadalajara.
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De 1821 a 1826, hubo tres rectores, destacando el doctor Diego Aranda y Carpinteiro, diputado a las Cortes de Cádiz y al primer Congreso Constituyente mexicano, canónigo de la catedral y obispo de Guadalajara; mandó construir las actuales torres catedralicias y concluyó el Hospicio Cabañas
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El 16 de enero de 1826 el Congreso del Estado de Jalisco decretó la primera clausura de la Universidad.
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El 29 de marzo inmediato, el gobernador del Estado, Prisciliano Sánchez estableció el Instituto de Ciencias y para dirigirlo nombró al matemático francés Pierre Lissaute.
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La nueva institución fue inaugurada el 14 de febrero de 1827, con las nuevas cátedras de Gramática, Matemáticas, Arquitectura, Medicina Legal y Derecho Constitucional.
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De 1834 a 1855, hubo seis rectores, entre los más notables estaban los canónigos y grandes oradores Juan Nepomuceno Camacho y Francisco Espinosa y Dávalos, durante su gestión se restauró el Colegio de San Juan Bautista para atender la educación media y se dejó sentir la gran influencia intelectual de fray Manuel de San Juan Crisóstomo Nájera.
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El 1º de septiembre de 1834, el gobernador del Estado, José Antonio Romero, decretó la primera restauración de la Universidad y la consecuente supresión del Instituto de Ciencias.
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Se decretó el 8 de octubre del citado 1847 que coexistirían el Instituto de Ciencias y la Universidad
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El 25 de septiembre de 1847, el Congreso del Estado de Jalisco decretó el Plan General de Enseñanza Pública que suprimió tanto la Universidad como el Colegio de San Juan Bautista y restableció la Junta Directora de Estudios y el Instituto de Ciencias y además fundaba el Liceo de Varones y el Liceo de Señoritas.
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El 15 de septiembre de 1855, el gobernador del Departamento de Jalisco, Santos Degollado decretó la segunda clausura de la Universidad y el restablecimiento del Instituto
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El 2 de febrero de 1859, el gobernador y comandante general del Departamento de Jalisco, Leonardo Márquez, restauró por segunda vez la Universidad.
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El 10 de noviembre de 1859, fue electo rector de la Universidad el canónigo Juan Nepomuceno Camarena.
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Con el triunfo militar de los liberales el 2 de diciembre de 1860, el gobernador del Estado, Pedro Ogazón, decretó la tercera clausura de la Universidad
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La Junta Directiva de Estudios del Estado, de 1868 a 1893
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El Consejo Superior de Instrucción Pública del Estado y la Dirección de Instrucción Pública del Estado, de 1903 a 1920
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El Departamento de Educación Preparatoria y Profesional del Estado y la Dirección General de Educación y Beneficencia Públicas del Estado, de 1920 a 1925.
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Ya el 5 de enero de 1924, durante la Feria de Guadalajara el ingeniero Juan Salvador Agraz había impartido una conferencia con el tema “Proyecto de la fundación de la Universidad de Guadalajara”.
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La Universidad de 1925 a 1934 fue dirigida por rectores como el citado Díaz de León y los doctores Fernando Banda, Jesús Delgadillo Araujo, Juan Campos Kunhardt y Manuel Alatorre, entre otros.
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Muy pronto se elaboraron los planes de estudios de las escuelas y facultades y el proyecto de Ley Orgánica, que aprobó el Congreso del Estado el 7 de septiembre de 1925
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Se eligió el 12 de octubre para la solemne inauguración, la cual debió celebrarse en el gran patio de la antigua Real Universidad
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El 22 de julio de 1937 el Congreso del Estado de Jalisco restauró nuevamente la Universidad, nombrándose al licenciado Constancio Hernández Alvirde como vigésimo primer rector.
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De 1937 a 1989, la Universidad ha tenido catorce rectores, entre ellos los médicos Luis Farah, José Barba Rubio y Roberto Mendiola; los abogados Rodolfo Delgado, Ignacio Jacobo, José Parres Arias y Enrique Javier Alfaro Anguiano; y los ingenieros Jorge Matute y Hugo Vázquez.
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El 2 de septiembre de 1989, el pleno del Consejo General Universitario discutió y aprobó el documento “Bases para la discusión de la Reforma en la Universidad de Guadalajara”
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El 31 de agosto de 1990, el Consejo General Universitario aprobó la realización de una amplia consulta entre la comunidad universitaria y la sociedad, la cual inició en 1991 y culminó en agosto de 1992.
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En agosto de 1991, el CGU aprobó el Estatuto del Personal Académico de la Universidad de Guadalajara, en el que se establecía un nuevo Reglamento de Ingreso, Permanencia y Promoción del Personal Académico, el cual sentaba las bases para el desarrollo y profesionalización del personal de carrera.
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La reforma se materializó en 1994, cuando el Congreso del Estado de Jalisco aprobó la nueva Ley Orgánica de la Universidad de Guadalajara.
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A partir de la reforma de 1994, nuestra Casa de Estudio ha experimentado avances en aspectos como la descentralización administrativa, la desconcentración de la matrícula hacia las regiones, la actualización curricular, así como el fortalecimiento de la investigación científica y el posgrado.
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El Plan de Desarrollo Institucional comprendía cuatro grandes líneas de desarrollo: 1) Acceso democrático a la educación y excelencia académica; 2) Descentralización y regionalización; 3) Vinculación con los sectores sociales y productivos; y 4) Flexibilidad académica y administrativa. En este documento, se trazaron los objetivos y programas para las áreas de docencia, investigación y extensión, así como una serie de indicadores proyectados hacia 1995.
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En el año 2000, iniciaron funciones los campus Universitarios del Norte y de Los Valles, mismos que serían transformados en centros universitarios en 2004. En el año 2000, se conformó la Red Radio Universidad de Guadalajara, actualmente integrada por 8 emisoras al interior del Estado.
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En 2004, se creó el Centro Universitario de Los Lagos
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En 2005 se constituyó el Sistema de Universidad Virtual.
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En el año de 2008, siendo Rector General Carlos Briseño Torres, la Universidad aprobó y entró en vigor la reforma al Bachillerato General por Competencias.
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En 2014, al inicio de la rectoría de Itzcóatl Tonatiuh Bravo Padilla, la Universidad de Guadalajara actualizó su Plan de Desarrollo Institucional, visión 2014–2030