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Se empiezan a discutir planes para construir ferrocarriles como solución al difícil transporte terrestre en el país montañoso.
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20 de julio de 1869: Se inaugura el Ferrocarril de Panamá, que aunque no conectaba con el interior del país, fue el primero en territorio colombiano (antes de la separación de Panamá en 1903). 27 de julio de 1869: Se inaugura el Ferrocarril de Bolívar (Cartagena–Calamar), primer ferrocarril operado en lo que hoy es Colombia.
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Se construyen varios tramos ferroviarios en diferentes regiones, operados de forma independiente:
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Aumenta la inversión en carreteras y transporte por camión. FNC sufre problemas financieros, abandono de vías y mal mantenimiento. 1991: FNC entra en proceso de liquidación.
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Se entrega la operación de algunas líneas a concesionarios privados (como Ferrocarriles del Norte – Fenoco). El transporte ferroviario se enfoca en carga pesada, como carbón (especialmente en la costa norte).
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Proyectos como el Tren del Caribe y Tren del Pacífico intentan recuperar el sistema, con éxito limitado. El gobierno promueve la intermodalidad y la logística con visión al transporte ferroviario.
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Se presentan proyectos como: Regiotram de Occidente (Cundinamarca–Bogotá, en construcción desde 2020) Regiotram del Norte (en fase de planeación) Reactivación del tren Bogotá–Belencito Visiones del tren del río Magdalena (logístico)