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Con el desarrollo de las religiones organizadas, la enfermedad pasó a considerarse un castigo divino por los pecados de la humanidad. En algunas culturas, se realizaban plegarias, procesiones y ceremonias para pedir la intervención de los dioses. También se usaban hierbas y remedios basados en creencias religiosas, aunque algunos de estos tenían efectos terapéuticos reales.
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Durante siglos, se creyó que las enfermedades eran causadas por "miasmas", es decir, vapores nocivos que emergían de aguas estancadas, suelos contaminados o materia en descomposición. En plantas, se pensaba que los malos olores y el aire impuro propagaban enfermedades. Esta teoría promovió algunas prácticas útiles, como la rotación de cultivos y la eliminación de residuos orgánicos.
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En la antigüedad, las enfermedades eran atribuidas a causas sobrenaturales, como espíritus malignos, brujería o maldiciones. Se creía que las plagas y enfermedades en cultivos eran enviadas por fuerzas invisibles como castigo. Las prácticas para combatirlas incluían rituales mágicos, sacrificios y amuletos.
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Derivada de la medicina de Hipócrates y Galeno, sostenía que la salud dependía del equilibrio de cuatro humores corporales: sangre, bilis amarilla, bilis negra y flema. En fitopatología, esto se adaptó a la idea de que las plantas enferman cuando sus fluidos internos están desequilibrados. Se recomendaban prácticas agrícolas como podas y drenajes para "restablecer el equilibrio".
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Propone que las enfermedades son causadas por la influencia de los astros, eclipses, cambios estacionales y fenómenos climáticos. Se creía que las fases de la luna, las posiciones planetarias o eventos cósmicos podían desencadenar epidemias. Aunque esta teoría ha sido descartada, algunos estudios modernos exploran la relación entre el clima y la incidencia de enfermedades en plantas.
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Desarrollada en el siglo XIX, esta teoría demostró que microorganismos específicos (hongos, bacterias y virus) eran responsables de las enfermedades. Gracias a los experimentos de Louis Pasteur y Robert Koch, se estableció el concepto de patógenos y se empezaron a diseñar estrategias de prevención y control, como el uso de fungicidas y la desinfección de semillas.
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Antes del trabajo de Pasteur y Koch, algunos científicos ya sospechaban que organismos diminutos causaban enfermedades. Por ejemplo, en el siglo XVIII, Tillet observó que el carbón del trigo era transmisible y Benedict Prevost sugirió que los hongos podían ser agentes de enfermedad. Sin embargo, sin pruebas experimentales sólidas, estas ideas no fueron ampliamente aceptadas hasta el siglo XIX.
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Con los avances en biología y genética, se ha reconocido que las enfermedades en plantas no solo son causadas por microorganismos, sino también por factores ambientales y fisiológicos. Deficiencias nutricionales, estrés hídrico, contaminación y mutaciones genéticas pueden afectar la salud vegetal. Esta visión integradora permite diseñar estrategias más efectivas de manejo fitosanitario.