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Al oriente de la capital de la Nueva España, la antigua ciudad de México, se fundó en 1594 el Monasterio de Nuestra Señora de la Merced de la Redención de los Cautivos, mejor conocido como el Convento de la Merced.
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Hacia 1791, se construyó, al lado del palacio virreinal, el Mercado del Volador que al correr el tiempo y por el incremento de puestos de venta sus comerciantes fueron cambiados al terreno donde había estado por años el templo mercedario.
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En la década de 1860, se decidió ubicar al mercado bajo un mismo techo y se construyeron los edificios en los terrenos del antiguo monasterio.
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En 1863, se construyeron los primeros edificios permanentes y los locales estaban hacinados bajo un techo de fierro galvanizado.
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En 1950, el mercado ya resultaba insuficiente, tanto para los locatarios como los compradores, y se decidió empezar la remodelación, iniciando por demoler algunos espacios.
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tiempos de remodelacion.
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En 1957 se inauguró la remodelación total, siendo el jefe del entonces Distrito Federal Don Ernesto P. Uruchurtu.
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Continuó siendo el mercado mayorista de la ciudad durante el período posterior a la Revolución Mexicana hasta aproximadamente la década de 1960.
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En 1988, un puesto que vendía fuegos artificiales explotó en la Merced, y murieron 61 personas.
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En 1998, un incendio destruyó dos terceras partes de la sala principal del mercado, junto con 572 puestos de venta en la madrugada del 4 de mayo
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El jefe de gobierno Marcelo Ebrard nombró a la Merced como Barrio Mágico de la Ciudad en el 2011.
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La madrugada del 27 de febrero de 2013, otro incendio destruyó más de 7,000 metros (alrededor del 70%) de la nave mayor afectó a 2000 locales, solamente causó daños materiales.
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El 25 de enero de 2014, por causas similares, se incendió de nuevo el mercado, esta vez quedaron destruidos alrededor de 400 puestos y 16 personas resultaron intoxicadas.
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El 24 de diciembre de 2019, a las 08:52 hrs se informaba de un leve incendio en la zona de Flores.
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Actualmente La Merced sigue siendo el mayor mercado minorista tradicional de la Ciudad de México, a pesar de la reciente tragedia cuenta con una amplia variedad de de productos, locales, proveedores y clientes.