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Los orígenes de la Universidad del Cauca provienen del Real Colegio Seminario San Francisco de Asís de Popayán
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En los comienzos de la República, y con la reforma educativa llevada a cabo por Francisco de Paula Santander, esta institución se convirtió en 1827 en la Universidad de Popayán. Pero desde 1884 se le conoce con el nombre de Universidad del Cauca.
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Creada por iniciativa y bajo la dirección de la comunidad de Santo Domingo
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Fue la primera institución universitaria establecida en el Nuevo Reino de Granada. Durante casi dos siglos y medio, bajo la tutela de la comunidad dominica, fue la universidad más importante del país, y hasta el primer cuarto del XIX era la única autorizada para otorgar títulos universitarios.
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Luego de la fundación de la Universidad Santo Tomás, los dominicos iniciaron una disputa con la Compañía de Jesús sobre los derechos para otorgar títulos.
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En medio de esta refriega, los jesuitas obtuvieron en 1621 la autorización papal para fundar una universidad y, dos años después, la Academia Javeriana abrió en las instalaciones del Colegio Seminario San Bartolomé (actualmente Colegio Mayor de San Bartolomé).
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El arzobispo de Santa Fe, fray Cristóbal de Torres, fundó el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario
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la tercera universidad creada en el territorio de la Nueva Granada. Desde 1850, cuando el Congreso del país decretó la libertad de enseñanza, autorizó al Rosario para graduar a sus alumnos con título universitario.
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La Universidad de Antioquia tiene sus raíces en el Real Colegio de San Francisco, fundado en 1803.
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Luego de la Independencia se renombró Colegio de Antioquia y pasó a ser parte del sistema estatal de educativo de la naciente república. En 1871 obtuvo su actual nombre de Universidad de Antioquia.
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El 22 de septiembre de 1867 se creó la Universidad Nacional de los Estados Unidos de Colombia, que ha funcionado ininterrumpidamente hasta hoy.
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Su historia ha sido el fiel reflejo de los cambios políticos del país. Fundada en la época del radicalismo liberal decimonónico, su propósito era promover la libre difusión de ideas y el progreso material y espiritual de la Nación.