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El obispo Francisco Marroquín solicita al monarca español, Rey Carlos I, la autorización para fundar una universidad en la ciudad de Santiago de los Caballeros (actual Antigua Guatemala).
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El obispo Payo Enríquez de Rivera envió al Rey Carlos II un informe expresando la necesidad de contar con una institución de educación superior.
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Luego de haber contemplado la idea de fundar una universidad en 1673, finalmente esta se oficializa. Se establece como sede el
Colegio Mayor de Santo Tomás de Aquino (en la actual Antigua Guatemala). Las primeras cátedras fueron de: Teología Escolástica, Teología Moral, Cánones, Leyes, Medicina y dos cátedras de Lenguas. -
Cinco años después de haber sido autorizada su fundación, finalmente da inicio con los primeros sesenta estudiantes.
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El Papa Inocencio XI emite el documento oficial que avaló la creación de la universidad. Se le dio categoría internacional y se le asignó el nombre de “Real y Pontificia Universidad de San Carlos” (en honor al obispo San Carlos Borromeo que brindó servicio comunitario durante gran parte de su vida como santo de la Iglesia Católica).
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Luego del devastador terremoto ocurrido en la Ciudad de Santiago de los Caballeros en 1773, la Universidad se traslada a la Nueva Guatemala de la Asunción. Posteriormente ocupa de manera temporal un solar en la actual Zona 1 para trasladarse tiempo después a un nuevo edifico (actual MUSAC).
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Luego de la Independencia de las Provincias Unidas y la creación de la República de Guatemala la universidad atravesó una serie de cambios: se le dio el nuevo nombre de "Academia de Estudios", educación laica, inclinación hacia el liberalismo, división de estudios en tres categorías principales (Ciencias Físicas, Matemáticas y Médicas, Ciencias Eclesiásticas, Morales y Políticas; y Literatura y Artes).
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La carrera de Medicina se organiza mediante la fundación de la Facultad de Ciencias Médicas, y constaba de seis años de estudio (4 teóricos y 2 prácticos). Si bien ya habían estudios de las Ciencias Médicas, Químicas y Farmacia, estos se organizaron y unieron hasta 1840.
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Ya de regreso con el nombre de "Universidad", se le otorga uno nuevo: " “Real y Pontificia Universidad de San Carlos de Borromeo”
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Se separa de la educación media, otorgando únicamente los grados académicos de licenciatura y doctorado. Se establecen las entidades académicas de: Facultad de Derecho y Notariado, Facultad de Medicina y Farmacia, Facultad de Ingeniería, y la Facultad de Filosofía y Letras.
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Luego de varios traslados, se inaugura la Escuela de Medicina y Farmacia en el Colegio San Vicente de Paul, contando con 68 alumnos (la mitad de ellos de otros países centroamericanos). Además, habían cuatro laboratorios de: fisíca, química orgánica, histología, y bacteriología.
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Los fuertes sismos de los años 1977 y 1978 dejaron desolación, edificios destruidos y muertes. El edificio de la Escuela de Medicina se vio fuertemente afectado y por esa razón se trasladó al convento de Santa Catarina de Martir (actual Conservatorio Nacional de Música).
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Entre 1922 y 1931 durante el gobierno de Lázaro Chacón, se construyeron 4 edificos correspondientes a: Instituto anti-rábico, Instituto de vacunación, Escuela Dental y la Escuela de Medicina.
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En 1945 durante el gobierno de Juan José Arévalo Bermejo, se le otorga la autonomía a la Universidad y el derecho de todos sus bienes.
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La Facultad de Ciencias Médicas se integra a la Ciudad Universitaria en Zona 12, durante los años de 1975 y 2001. Y posteriormente, se traslada a las instalaciones del Centro Universitario Metropolitano (CUM, Zona 11), mismo lugar en el que se encuentra actualmente.
