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El Obispo Francisco Marroquín y el Capitán, Pedro Crespo, realizaron una solicitud de establecimiento de universidad. La solicitud no fue atendida por la Corona.
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Envió a su Majestad Carlos II un informe, en donde manifestaba la necesidad de contar con una institución de educación superior
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El Rey Carlos II de España, promulga la Real Cédula de fundación de la universidad.
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La universidad abrió sus puertas con 60 estudiantes, en las instituciones de lo que es hoy Antigua Guatemala. Inició impartiendo las cátedras de Teología Escolástica, Teología Moral, Cánones, Leyes, Medicina y dos de Lenguas.
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Toma posesión como primer Rector de la universidad, el doctor José de Baños y Sotomayor.
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Doctor Miguel Fernández inicia como el primer catedrático propietario.
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Vicente Ferrer González fue el primer médico graduado en Guatemala, quien se doctoró en 1717.
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Ciudad de Santiago de los Caballeros, hoy Antigua Guatemala, sufrió un terremoto que destruyó la ciudad casi por completo, llevándose con ella a la naciente universidad
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La Universidad de San Carlos fue trasladada al valle de la Ermita, en La Nueva Guatemala de la Asunción.
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Se le atribuye a un egresado de la Universidad de San Carlos, con sus estudios realizados en filosofía, cánones y derecho civil, José Cecilio del Valle; la redacción de la Acta de Independencia.
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Durante el gobierno del doctor Mariano Gálvez, se suprimió la universidad, estableciendo una "Academia de Estudios" basada en una educación laica, inspirada en el liberalismo.
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Debido al cólera asiático, el Doctor José Luna (Catedrático de Prima de Medicina) presentó a la Asamblea Nacional Legislativa, un proyecto de reorganización administrativa del estudio de la medicina proponiendo la formación de una sociedad profesional de medicina y cirugía, para crear las normas indispensables para el ejercicio de la profesión de la salud y el establecimiento de una Facultad que reemplazaría las cátedras independientes que se impartían desde la fundación de la Universidad
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El gobierno de los "conservadores" devuelve el nombre de "universidad" al centro de estudios superiores, llamándolo Universidad de Guatemala. En 1847, el conservador Rafael Carrera, quien gobernaba en ese año, asignó el nombre de "Real y Pontificia Universidad de San Carlos de Borromeo". Por decreto constitucional, medicina se constituye como Facultad de Ciencias Médicas.
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El arzobispo, Francisco de Paula García, compró un terreno para la construcción de un colegio clerical.
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Justo Rufino Barrios expropió y consolidó el colegio clerical,en donde fundó la Primera Escuela Normal.
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Debido al inicio de la denominada Reforma Liberal en 1871, en el gobierno de Miguel García Granados y Justo Rufino Barrios, el centro de estudios máximos vuelve a llamarse Universidad de Guatemala.
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Estas se separan, y queda a potestad exclusiva de la Universidad otorgar licenciaturas y doctorados.
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La Escuela Normal fue transferida hacia la escuela de Medicina y Farmacia, en donde se construyó el Desinfectorio Nacional. Además, se inaugura el oficialmente a este edificio como universitario.
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Por iniciativa del decano de sociedad, este se fundó para el cultivo de las ciencias universitarias.
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Según el decreto presidencial 203 pasa a ser dependencia de la escuela de medicina y farmacia.
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La facultad de Ciencias de la Salud y la de Derecho, se unieron para organizar un desfile bufo, llamado Huelga de Dolores. Con él, nace un periódico en la Facultad de Medicina denominado No Nos Tientes. Con estos se protestaba en forma de burla la inconformidad con el gobierno.
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Emblema de los huelgueros, pintado por el estudiante Hernán Martínez.
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Se escucha por primera vez el himno de guerra de los universitarios. Compuesto por Alfredo Valle, José Balcárcel, David Vela y Miguel Ángel Asturias. José Castañeda crea la música.
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La universidad recupera su nombre original, Universidad de San Carlos de Guatemala, durante el gobierno de Lázaro Chacón.
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Durante el gobierno de Jorge Ubico, este suprime la autonomía de la universidad, prohibiendo la huelga, y decisiones al Rector y Decanos, quedando el por en las manos del presidente de la República.
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Entra en vigor el Decreto No. 12,
en donde se establece “la Autonomía de la Universidad”, el cual fue integrado por Francisco Arana, Jacobo Árbenz y Jorge Toriello. -
Se emitió la primera Ley Orgánica de la Universidad y los estudiantes, docentes y profesionales eligieron al Doctor Carlos Martínez Durán como rector, quien tomó la iniciativa de comprar los terrenos de z.12 y fundó el CUNOC. Se crearon las facultades de Agronomía, Veterinaria y Arquitectura.
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Período de represión para los universitarios, en el que el personal y estudiantes sufrieron de asesinatos, desapariciones y fueron obligados a huir.
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Durante 26 años la facultad de Medicina permaneció en la sede central.
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El inmueble en el que se impartió Medicina, Farmacia y la escuela dental por 81 años, fue destinado como sede del Centro Cultural Universitario por acuerdo de rectoría 9-163.
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La facultad de Medicina se movió a la z.11 en donde sigue sus labores de enseñanza en la actualidad.
