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En esta época la Universidad se caracterizo por su perspectiva humanística.
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Durante este periodo la Facultad de Teologia no tuvo grandes cambios, mientras que la Facultad de Artes se vio sumamente criticada en sus métodos y se divide en dos (artes literarias y ciencias puras).
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En la Universidad conviven al tiempo una ciencia tradicional con métodos tradicionales y una ciencia nueva con métodos acordes a la investigación empírica. No se trato de algo espontaneo.
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Para esta época las Facultades que van surgiendo en la Universidad, rompen el esquema antiguo y empieza a diversificarse.
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Surge una universidad en la ciudad española de Alcala de Henares fundada por el cardenal Cisneros (1436-1517)
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En cabeza de Martín Lutero (1483-1546), quien se baso en las tesis doctrinales (religion), conservando la mentalidad de la época.
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Surge una Universidad en el convento de Santo Domingo en Perú.
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Se funda en México la Universidad Santo Domingo.
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Fundo su propia Universidad confesional en Ginebra.
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Las universidades habían adquirido el carácter de Alma Mater de las naciones.
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Francis Bacon (1561-1626), establece un nuevo concepto de ciencia y delinea un método que permita el conocimiento de las leyes que rigen la naturaleza.
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Kepler (1571-1630) avanza un poco mas en la teoría heliocéntrica de Copernico. La cual genera conflicto con la iglesia, ya que aquello represento ideas nuevas que juzgan los dogmas.
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En este libro Renato Descartes (1596-1650) pretende dar a conocer el método para poder llegar al conocimiento verdadero y encontrar la verdad.
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En este siglo se han puesto los fundamentos para la gran revolución del pensamiento contemporáneo.
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"Critica de la razón pura" y "Critica de la razón practica", son escritos de su autoria y que aportaron mucho, ya que la "idea" como filosofía produce grandes cambios a la universidad.
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Manifiesta el universo como evolución del absoluto, para Hegel, el estado es bueno en si mismo y los ciudadanos no importan como tales.
