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Se empiezan a descubrir las primeras partículas de seres vivos a través de gotas de agua vistas desde un microscopio, las cuales eran bacterias
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En esta época se destacaron nombres como el de Louis Pasteur eminente investigador francés, químico y microbiólogo, quien realizó descubrimientos que constituyeron la base de la creación y posterior desarrollo de la Microbiología Industrial. Otro científico sobresaliente fue Joseph Lister, quien le atribuyó la etiología microbiana a la complicación séptica de las heridas quirúrgicas.
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Existieron dos defensores de esta teoría los cuales fueron: John Needham, experimentando con carne cocida, observo que en la carne habían microorganismos.
Luego, Lazaro Spallanzani casi al mismo tiempo se encontraba en un intento de rechazar la teoría de generación espontanea hirviendo caldo de buey. 80-90 años después dos investigadores respondieron a los experimentos antes dichos, a través de diferentes experimentos con caldo, soluciones acidas. -
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Antes que incluso Pasteur intentara mediante experimentos, que las bacterias son causas de enfermedades, muchos observadores cuidadosos, habían expresado fuertes declaraciones sobre la veracidad de la teoría del germen en la enfermedad, Fracastoro de Verona sugirió que las enfermedades podrían ser debidas a microorganismos muy pequeños transmitidos de persona a persona.
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En su búsqueda de microorganismo que pudiesen ser responsables de diferentes enfermedades, Koch, y sus colegas desarrollaron varios procedimientos de laboratorio que tuvieron un tremendo impacto sobre el desarrollo de la microbiología. Entre ellos figuraban procedimientos para teñir las bacterias y así hacerlas mas fácil de visualizar y técnicas para cultivar los microbios en el laboratorio y así encontrar posibles curas a las enfermedades mas comunes de aquella época.
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Una vez establecido que los microrganismos son la causa de ciertas enfermedades, se presto gran atención al desarrollo de métodos para la prevención y el tratamiento de estas enfermedades, los agentes etiológicos de la mayor parte de las enfermedades que conocemos hoy fueron descubiertos en una rápida sucesión
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A finales del siglo, el estudio de la microbiología se ramifico en dos direcciones diferentes, pero complementarias, la primera se interesaba en posteriores estudios a fin de descubrir usos de los microorganismos y la segunda se encargaba de hacer estudios detallados de las características biológicas de los microrganismos.