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Redacción de la Cédula Real en donde decreta la fundación de la Universidad por parte de Carlos II. Autorización de las cátedras de Teología Escolástica, Teología Moral, Cánones, Leyes, Medicina y dos cátedras de Lenguas, en el Colegio Mayor de Santo Tomás (Museo de Arte Colonial de la Ciudad de Antigua Guatemala)
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La univerisidad abre sus puertas. Las leyes y reglamentos de la nueva universidad tuvieron como modelo los de la Universidad de Salamanca (España) y los de la universidad de México. En octubre de 1686 toma posesión como primer Rector de la naciente universidad, el doctor José de Baños y Sotomayor.
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Emición de Bula por parte del Papa Inocencio XI en el cual avala la creación de la universidad, con lo cual se le da la categoría internacional y asignándole además su nombre oficial: “Real y Pontificia Universidad de San Carlos”. En honor a San Carlos Borromeo.
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Una serie de fuertes sismos denominados como los terremotos de Santa Marta que destruyeron la ciudad de Santiago de los Caballeros, actual Antigua Guatemala obligó a la Universidad de San Carlos luego de ciento un años desde su fundación trasladarse a la nueva ciudad, ocupando temporalmente un solar junto a lo que hoy es la iglesia de Santo Domingo, zona1.
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El Doctor Mariano Galvez toma la presidencia.
Formación de la academia de estudios con orientación laica, dicha academia dividió sus estudios en 3 áreas :
A. Ciencias Físcas, Matemáticas y Médicas
B. Ciencias Eclesiásticas, Morales y Políticas
C. Literatura y Artes -
Bajo el gobierno de los conservadores, el jefe de estado de Mariano Rivera paz, elimina la Academia de Estudios y devuelve el nombre de "Universidad".
Durante el gobierono de Rafael Carrera se asigna un nuevo nombre en 1877: Real y Pontificia Universidad de San Carlos de Borromeo -
Creación de la Huelga de Dolores
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Creación de la Asociación de Estudiantes Universitarios AEU. Nacimiento del emblema de los hueleros: La chavela, el cual es representada por un esqueleto. Composición del primer himno san carlista "La Chalana" por José Luis Balcárcel, David Velá, Alfredo Valle Calvo, Miguel Ángel Asturias y José Castañeda.
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Emisión de una nueva ley institucional (durante el terccer mandato de Jorge Ubico) en donde establece que el nombramiento del Rector y Decanos sería elegido por el presidente de la República.
Dicha ley y otros factores incentivaron a los estudiantes San Carlistas y el pueblo a manifestarse en contra del Régimen de Ubico, dihca protesta causó la muerte de la maestra María Chinchilla Recinos -
En este periodo de acoso y persecución e inestabilidad social desembargó en una serie de asesinatos siendo las víctimas: El Lic Mario López (1977) cuyo homenaje se encuentra en mural de la biblioteca.
El secretario generral de la AEU Oliverio Castañeda (1978)
El rector Leonel Carrillo (1982).
