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Hacia 1740 los jesuitas fundaron la Hacienda Apiay en la cual evangelizaron comunidades indígenas tanto guayupes como de tribus vecinas
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En 1797 los hermanos Jacinta y Vicente Rey compraron
la hacienda al señor Antonio romero por una suma de 50.000.000 pesos y la heredaron sus hijos quienes vendieron sus derechos de propiedad, dando así, origen a los comuneros de Apiay. -
Por su situación geográfica se convirtió en trayecto obligado de comerciantes y ganaderos que se desplazaban desde Quetame y Fosca (actuales municipios del Departamento de Cundinamarca) atraídos por la fertilidad y ubicación de las tierras
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En 1840 los colonos hicieron la fundación de facto de un caserío sobre la margen derecha del caño Gramalote que le dio nombre a la población. La fundación fue efectuada por los comerciantes Esteban Aguirre, Santos Reina y su familia.
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El 21 de octubre de 1850 el caserío pasa a llamarse Villavicencio en moción aprobada por la [Cámara de Comercio de Bogotá (Cámara provincial de Bogotá) en honor de Antonio Villavicencio y Verástegui, prócer de la Independencia de Colombia fusilado por Pablo Morillo
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Al propio tiempo que se abría la economía, surgió en 1871 la bonanza del caucho por los insistentes pedidos de la industria automotriz
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En 1904 y al mando del padre Maurice Diéres Monplaisir se establece la comunidad Monfortiana que (fundada por San Luis María Grignon de Monfort) se encargará de guiar el desarrollo social de la población
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La comunidad Monfortiana se encargará de guiar el desarrollo social de la población al fundar el banco San José, el colegio femenino Nuestra Señora de la Sabiduría, el teatro Verdún, la imprenta de San José, diversos talleres de encuadernación, carpintería y herrería, la banda musical de Santa Cecilia, el hospital Monfort y diversas bibliotecas
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Gracias a los avances en materia de desarrollo social y empresarial en 1909 Villavicencio es erigida como capital de la Intendencia del Meta.
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En 1921 se establecen los hermanos de La Salle y fundan un colegio
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En 1936 Villavicencio queda conectada a Bogotá por carretera.
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Entre 1933-1942 Francisco Olmos construye el primer puente sobre el río Guatiquia.
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En 1949 el capitán Alfredo Silva, afiliado políticamente al Partido Liberal Colombiano y perteneciente al ejército se toma la ciudad iniciando el primer episodio de La Violencia en los Llanos Orientales de Colombia y el origen de las Guerrillas del Llano.
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En 1953 el general Gustavo Rojas Pinilla decreta la amnistía de los guerrilleros pacificándose así los Llanos Orientales y produciendo la llegada masiva de colonos provenientes de otras regiones de Colombia
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En 1963 se crean las Empresas Públicas de Villavicencio y la Empresa de Telecomunicaciones del Llano E.S.P. ETEL
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En 1967, en mayo de este año se crea la Caja de Compensación Familiar Regional del Meta COFREM.
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En 1977 se crea la Universidad de los Llanos Orientales, más conocida como Unillanos.
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En 1981 se crea la Electrificadora del Meta - EMSA
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En 1985 se crea la Corporación Universitaria del meta, más conocida como Unimeta
