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El primero de agosto de 1548 la legislación por Francisco Marroquín se solicita la autorización para fundar una universidad en la ciudad de Santiago de Guatemala, hoy antigua Guatemala.
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En 1563 el obispo Marroquín falleció y en su testamento dejó varios bienes para que se fundara un colegio de : “arte, teología y otras artes”.
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En 1620 se logró el mayor deseo del obispo al establecerse el colegio mayor de santo Tomas De aquino.
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En 1676 el obispo Payo Enríquez de Ribera, envió al rey Carlos segundo una carta donde manifiesta la necesidad de contar con una institución de educación superior.
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El 31 de Enero de 1676 el monarca español Carlos II, a través de la respectiva Cédula Real, decreta la fundación de la Universidad, Se establece como sede física, el lugar en donde hasta entonces había funcionado el Colegio Mayor de Santo Tomás de Aquino y Se autorizan las siguientes 7 cátedras: Teología Escolástica, Teología Moral, Cánones, Leyes, Medicina y dos cátedras de Lenguas.
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El 7 de Enero de 1681 la universidad abrió por primera vez sus puertas a 60 estudiantes debidamente matriculados.
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El 20 de octubre del año 1681 se inauguran los estudios de Medicina en la Universidad de San Carlos de Guatemala, 5 años después de su fundación.
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En octubre de 1686 toma posesión como primer Rector de la naciente universidad, el doctor José de Baños y Sotomayor
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El 18 de Julio de 1687, el Papa Inocencio XI emite una bula, avalando la creación de la universidad, con lo cual se le da categoría internacional y asignándole además su nombre oficial: “Real y Pontificia Universidad de San Carlos”. A raíz de la acción del Papa, la universidad queda autorizada para otorgar los grados universitarios de Bachiller, Licenciado, Maestro y Doctor.
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El 15 de marzo de 1688 el doctor Miguel Fernández de origen español inicia la cátedra y él queda como catedrático de ella.
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En agosto de 1703 se graduó el primer bachiller de Medicina en la Universidad de San Carlos de Guatemala.
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Fue don Vicente Ferrer Gonzáles, continuó estudiando y se doctoró el 17 de septiembre de 1717
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En 1773, se decide el traslado de la capital del Reino de Guatemala al Valle de la Ermita, tomando la ciudad el nuevo nombre de Guatemala de la Asunción, en honor a su patrona la “Virgen de la Asunción”.
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En el año de 1773 es tedioso para la ciudad de Santiago de los Caballeros de Guatemala, un terremoto destruyó la región y también a la Universidad de San Carlos de Guatemala.
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En 1777, la Universidad de San Carlos se trasladó a la nueva ciudad, ocupando temporalmente un solar junto a lo que hoy es la iglesia de Santo Domingo, zona 1.
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En 1778 una real cédula donó el nuevo sitio para la universidad.
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En 1779 se le otorga su primer nueva sede oficial: el edificio que hoy alberga al MUSAC (Museo Universitario), frente al actual edificio del Congreso de la República
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En 1779 se ordenó la construcción del edificio que finalizó en 1851. Su constructor fue don Francisco Castillo, aquí estuvo las escuelas de Medicina y ahora este edificio corresponde a MUSAC.
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En 1821, con la independencia de las Provincias de Centro América, y la creación de la República de Guatemala, se modifican los Estatutos de la Universidad. se suprime la institución Universidad, y se le da el nuevo nombre de Academia de Estudios La nueva institución de educación superior. dividió sus estudios en tres áreas:
Ciencias Físicas, Matemáticas y Médicas.
Ciencias Eclesiásticas, Morales y Políticas.Literatura y Artes. -
En 1840, bajo el gobierno de los “conservadores”, el jefe de estado Mariano Rivera Paz, elimina la Academia de Estudios y devuelve el nombre de “universidad” al máximo centro de estudios superiores. Ahora se le da el nombre de Universidad de Guatemala
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El 7 de noviembre de 1840 por decreto constitucional se constituye como facultad de Ciencias Médicas.
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En 1847, durante el también gobierno conservador de Rafael Carrera, se le asigna un nuevo nombre: “Real y Pontificia Universidad de San Carlos de Borromeo”.
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En 1870 se construyó el colegio San Vicente de Paul en donde era el predio Amatitlán sito
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En 1871, durante el ahora gobierno liberal de Miguel García Granados y Justo Rufino Barrios, se da inicio a la denominada Reforma Liberal.
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1873 este colegio fue consolidado y expropiado por Justo Rufino Barrios, en este mismo terreno fundó la primera escuela normal.
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En 1875, a la universidad se le suprime el título de pontificia, y el nombre cambia de nuevo al nombre laico de: Universidad de Guatemala.
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En 1877 se separa la educación media o bachillerato de la Universidad, quedando a ésta la potestad exclusiva de otorgar los grados académicos de licenciatura y doctorado.
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13 de enero de 1880 dicho edificio es transferido a la escuela de medicina y farmacia de la Universidad de San Carlos de Guatemala
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El 17 de octubre de 1880 fue la inauguración como edificio Universitario siendo el Decano Joaquín Hiela
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1884 se fundó la iniciativa del Decano de la Sociedad lo que se conoció como la juventud médica.
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En 1898 el movimiento estudiantil de la universidad. La Huelga de Dolores nace ese año.
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1917 se destruyó el edificio de medicina, farmacia y dental.
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El 24 de diciembre de 1918 a través de nuevos estatutos que son aprobados. Se permitió la elección de autoridades universitarias siempre que no estuvieran en contra del régimen.
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El 4 de Mayo de 1920, luego de la caída de Estrada Cabrera, la Universidad se adhiere a las reformas de Córdoba, se inicia la Extensión Universitaria, surge la Asociación del Derecho, Juventud Médica y la asociación de Estudiantes Universitarios, AEU,
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El 22 de Mayo de 1920. La universidad recupera su albedrío; en el nombramiento de sus autoridades, catedráticos y demás empleados, en la elaboración de sus estatutos; en la administración de sus instalaciones y edificios. Para todo ello, se le otorga personería jurídica.Volviendo a utilizar el nombre de Universidad Nacional.
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En 1921 se organiza entonces el primer desfile bufo, restableciéndose la “Huelga de Dolores”. Hernán Martínez Sobral pinta a la “Chabela”, José Luis Balcárcel, David Vela, Alfredo Valle Calvo y Miguel Ángel Asturias componen la “Chalana”. José Castañeda crea la música.
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1921-1931: En la calle de Velazco #22 permaneció la FACULTAD DE CIENCIAS MEDICAS.
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1922-1931 el ingeniero José alcaine H elaboro un proyecto de 4 edificios, que corresponden a la escuela dental, el instituto antirrábico, el instituto de vacunas y la escuela de medicina.
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En 1927 bajo el gobierno de Lázaro Chacón, la universidad recobra su nombre original: Universidad de San Carlos de Guatemala.
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1931 El arquitecto Carlos Malavé diseñó el anfiteatro anatómico, la escuela de medicina, el paraninfo y lo entregó a la USAC
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De 1941 a 1944 El general Jorge Ubico, durante su tercer mandato emite una nueva ley constitutiva de la universidad, y así, se suprime de nuevo su autonomía, y con ella, la libertad de elegir sus autoridades, quedando el nombramiento del Rector y los Decanos que integraban el Consejo Superior Universitario, en manos del presidente de la República.
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En 1944, luego de la caída de Ubico, surge, una Junta Revolucionaria, integrada por Francisco Arana, Jacobo Arbenz Guzmán y Jorge Toriello quienes emiten el Decreto No. 12, en donde se establece “la Autonomía de la Universidad”.
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1944 Año de la revolución
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El 1 de Diciembre de 1944 entra en vigor el decreto No.12
emitido por la Junta Revolucionaria, integrada por Francisco Arana, Jacobo Arbenz Guzmán y Jorge Toriello -
El 16 de Diciembre de 1944 La asamblea legislativa en Decreto confirma la autonomía universitaria elevándola ahora a nivel constitucional.Como primer Rector de este nuevo período autónomo fue nombrado el Dr. Carlos Federico Mora. El y los demás miembros del Consejo Superior Universitario tuvieron la misión de crear los mecanismos, organizar y supervisar las primeras elecciones universitarias de acuerdo a su nuevo estatus constitucional de entidad autónoma.
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En 1945, se emite la primera Ley Orgánica de la Universidad, por el Congreso de la República. Se elige al primer Rector de forma democrática por estudiantes, docentes y profesionales
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1945 El gobierno del Dr. Juan José Arévao Benjamo, Otorga la autonomía a la Universidad y el derecho de todos sus vienes
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De 1963 a 1996 El conflicto armado interno representó para la Universidad, un período de acoso y persecución; muchos de sus mejores elementos, fueron desaparecidos, asesinados u obligados a huir. La Universidad de San Carlos, fue una de las instituciones que más muertos puso en tal contienda.
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1975 al 2001 Se traslada la cede a la zona 12 de la capital por 26 años
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1975 el 14 de enero el inmueble que albergo durante 81 años es destinado como cede centro cultual universitario
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2001 a la fecha actual: La F.CM. se traslada al CUM