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O vírus foi isolado e patenteado pela primeira vez em 1947 por pesquisadores da Fundação Rockefeller (Dr. Jordi Casals) de um macaco-reso (Macaca mulatta) na floresta de Zika na República de Uganda, África.
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O primeiro caso bem documentado do vírus da zica foi em 1964, começando com uma leve dor de cabeça que progrediu para um exantema maculopapular, febre e dor nas costas
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Foi isolado pela primeira vez em humanos na Nigéria.
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Em 2007 uma forte epidemia ocorreu na ilha Yap, Micronésia. Mais recentemente, epidemias ocorreram na Polinésia, ilha da Páscoa, Ilhas Cook e Nova Caledônia.
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Se provou que o vírus Zika pode ser sexualmente transmitido entre humanos.
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Em maio de 2015, o vírus Zika foi confirmado pela primeira vez como a causa de um surto de uma doença parecida com a dengue no Nordeste do Brasil.
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Em novembro de 2015, o vírus Zika foi isolado em um recém-nascido com microcefalia e outros problemas congênitos no estado brasileiro do Ceará.
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Por causa da "crescente evidência de uma ligação entre Zika e microcefalia" os CDC dos Estados Unidos emitiram um alerta de viagem em 15 de janeiro de 2016, ao aconselhar mulheres grávidas a considerar o adiamento de viagens para o Brasil, assim como para os seguintes países e territórios onde a febre Zika foi relatada: Colômbia, El Salvador, Guiana Francesa, Guatemala, Haiti, Honduras, Martinica, México, Panamá, Paraguai, Suriname, Venezuela e Porto Rico.
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Em 20 de Janeiro de 2016, cientistas do estado do Paraná, Brasil, descobriram que o vírus é capaz de penetrar a placenta durante a gravidez. Restos do material genético do vírus da zica foi encontrado numa amostra de tecido da placenta de uma mulher que abortou devido à microcefalia.
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Em janeiro de 2016, a Organização Mundial da Saúde (OMS) disse que o vírus iria se espalhar por todo o continente americano até o final do ano.
