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Alrededor del año 1700 a.C., los babilonios atribuían las enfermedades de los cultivos a la ira de los dioses, es por ello que se generaban rituales entorno a dichos acontecimientos.
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En el antiguo Imperio Romano, se creía que las enfermedades de las plantas eran causadas por el dios Robigus. Se ofrecían oraciones y sacrificios para obtener su protección -
En la Edad Media, se pensaba que las enfermedades de las plantas eran causadas por influencias astrales o cósmicas, afectadas por las estrellas, la luna y el astro sol.
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En el siglo XVI, algunos médicos aplicaron la teoría humoral de Hipócrates a las plantas, sugiriendo que las enfermedades eran causadas por un desequilibrio de los humores vegetales
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Antes de los trabajos de Pasteur y Koch, otros científicos como Tillet y Prevost ya habían identificado microorganismos como causantes de enfermedades en plantas
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En 1853, Anton de Bary demostró que el hongo Phytophthora infestans causaba el tizón tardío de la papa, sentando las bases de la teoría microbiana de las enfermedades de las plantas
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La patogenicidad de los fitonematodos se ha formalmente demostrada, aumentando su reconocimiento en la fitopatología.
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En el siglo XIX, se creía que las enfermedades de las plantas eran causadas por miasmas, o emanaciones nocivas del suelo o el aire
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La virología vegetal ha avanzado, con investigaciones recientes que demuestran cómo los virus afectan la calidad y el rendimiento de los cultivos.
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Investigaciones han sugerido que los ciclos lunares pueden influir en la salud de las plantas, afectando la incidencia de enfermedades y plagas, asi mismo con el el crecimiento, desarrollo y productividad.
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Se han adaptado los postulados de Koch para incluir virus y otros patógenos, ampliando el enfoque sobre cómo se determinan las causas de las enfermedades en plantas
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Estudios recientes han mostrado que condiciones ambientales adversas pueden inducir síntomas similares a los causados por patógenos, re-evaluando teorías como la teoría humoral.
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Se han introducido al menos 49 nuevos patógenos en España, afectando cultivos estratégicos, lo que ha llevado a la revisión de teorías sobre el origen de enfermedades en plantas.
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Aumento en la investigación sobre hongos infecciosos que han llevado a la extinción de poblaciones naturales de plantas, lo que ha reforzado la teoría microbiana.
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Se han desarrollado nuevas estrategias de manejo para controlar enfermedades de plantas, basadas en la comprensión de los agentes fitopatógenos y sus interacciones con el medio ambiente.