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Insatisfação, já antiga, da população do Rio Grande do Sul, devido aos pesados impostos, se agravou. Os recursos da província eram enviados para outras que não podiam arcar com as despesas, como Santa Catarina. Ademais, os Atos não forneceram toda a autonomia desejada pela elite gaúcha.
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Tributação excessiva, falta de medidas protecionistas sobre o charque, concorrência com os produtos uruguaios, altas taxas para a importação do sal e desejo de maior autonomia para a província.
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Organizada por estanceiros da fronteira e membros da classe média. Os objetivos eram estabelecer a livre circulação de rebanhos com o Uruguai e acabar com a Guarda Nacional.
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Proclamação de uma República independente do Brasil, com renda própria e livre da centralização do poder imposto pelo Rio de Janeiro, ainda que as regras estabelecidas, como o voto censitário, fossem parecidas. A presidência da República coube a Bento Gonçalves.
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O movimento foi expandido para a província de Santa Catarina, onde a República Juliana foi fundada
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Como a rebelião foi liderada pela elite e a região tinha grande importância para o Brasil, foram oferecidas concessões aos rebeldes. Em 1840, por exemplo, foi decretada uma taxa de importação de 25% sobre a carne salgada vinda do Uruguai, o que era uma das principais exigências dos farrapos.
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Com a pacificação de grande parte das províncias, as tropas, lideradas pelo barão Caxias, enfraqueceram a rebelião.
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O enfraquecimento definitivo da rebelião se deu em 1845. O acordo de paz incluía os seguintes pontos: pagamento de dívidas do governo republicano; incorporação de oficiais rebeldes ao Exército imperial, com postos de comando e anistia aos rebeldes da Farroupilha.
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O governo brasileiro realizou, na região platina, uma política externa diferente, pois a Revolução Farroupilha reacendeu as pretensões brasileiras de manter influência sobre o Uruguai. Em 1851, teve início a guerra pelo território uruguaio. Em 1852, o controle do território passou aos colorados, tradicionais aliados do Brasil.