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En el año de 1521, Ignacio de Loyola fue gravemente herido en sus piernas durante la batalla de Pamplona. Fue llevado a su casa por los franceses para sanar. Mientras se recuperaba, reflexionaba sobre su vida experimentando un proceso de conversión.
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En el año 1522, Ignacio emprendió un viaje de descubrimiento (Peregrinación) con tal de encontrar una vida plena. Comenzó viajando a Tierra Santa (Jerusalém) donde planeaba permanecer hasta el final. Sin embargo, Dios tenía otros planes para él. Probó su obediencia al pedirle que por su bien y seguridad regresara a su Tierra,
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En el año de 1525, Ignacio regresa a Barcelona a estudiar gramática para tener una base para su formación universitaria y tener una mejor preparación.
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En 1526, Ignacio se encamina a la Universidad de Alcalá para vivir una serie de situaciones que pondrían a prueba sus destrezas espirituales. Dentro de este tiempo, enfrentó tres juicios. Uno por su vestimenta religiosa que los identificaba como seguidores de cristo, otro fue por falsa acusación y el tercero fue en relativo a la guía de almas. Este último causó que lo condenaran y le prohibieran hablar de Dios.
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En 1527, los frailes que acompañaban a Ignacio llegaron a la conclusión de que lo que él decía solo se podía realizar por medio de las letras o el espíritu, es decir, un conocimiento por la revelación de Dios. Lo encerraron por tres días, teniendo posteriormente un juicio de inquisición por tres semanas. Ignacio y sus compañeros se defendieron por medio de la fe y la confianza de los ejercicios espirituales.
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En 1528, después de dejar Salamanca, Ignacio llega a París donde decide continuar con su formación para poder encontrar a ese Dios que lo trataba. Se inscribió en el magister artium (Maestría en Artes).
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En marzo de 1534, Ignacio recibe su título en la Maestría de Artes Liberales por parte de la Universidad de París.
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En el año 1540, tras obtener la aprobación de la órden por Papa Pablo III, Ignacio de Loyola fundó la Compañia de Jesús. Esta compañía se distinguió por sus prácticas espirituales. Su actividad se expandió por la educación, la sociedad e incluso el catolicismo.
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Todos los jesuitas votaron por Ignacio. Ante este resultado, él no estaba conforme ya que para él sería desobedecer a Dios. Sin embargo, el franciscano Teodosio le dijo lo contrario. El 19 de abril San Ignacio aceptó el cargo y el 22 celebró una misa.
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En 1543, Ignacio logró obtener la aprobación del Papa de la bula Illius qui pro dominici el para la creación de las casas de Catecúmenos y Catecúmenas (aquellos que invitaban a experimentar el misterio de Dios por medio de la espiritualidad).
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Para ayudar a las mujeres prostitutas casadas o con hijos, Ignacio de Loyola creó para ellas la Casa de Santa Marta en la Compañía de Nuestra Señora de Gracia. Esta compañia fue aprobada por la bula Divina summaque Dei bonitas.
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En 1548, los ejercicios espirituales de Ignacio de Loyola fueron aprobados por el Papa.
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En el año 1551, San Ignació creó en la Vía d'Aracoeli de Roma, con la ayuda de Francisco de Borja, un colegio para la gramática, humanidades y doctrina cristiana (enseñanza sobre Dios) para los jesuitas y estudiantes externos. Unos meses después de su creación, este colegio se trasladó al actual Vía del Gesú.
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Finalmente, el 31 de julio de 1556 San Ignacio de Loyola fallece debido a una grave enfermedad en su celda de la sede de Jesuitas en roma.